Po navodilih Ministrstva za šolstvo je ravnatelj razporedil učitelje v plačilne razrede.
Po pravilniku o ocenjevanju je bilo v šolskem letu 1996/1997 ukinjeno ocenjevanje iz vedenja. Pri prekrških učencev pa ob izreku ukrepov sodelujejo starši. Ob šoli so uredili atletsko stezo, šola je dobila še dodatno športno površino.
Učni uspeh učencev:
– 1990/1991: 620 učencev, uspeh 98,5 %, 25 oddelkov;
– 1991/1992: 604 učencev, uspeh 99,3 %, 25 oddelkov;
– 1992/1993: 608 učencev, uspeh 97,5 %, 25 oddelkov;
– 1993/1994: 582 učencev, uspeh 97,9 %, 24 oddelkov;
– 1994/1995: 607 učencev, uspeh 98,8 %, 24 oddelkov;
– 1995/1996: 600 učencev, uspeh 98,6 %, 24 oddelkov;
– 1996/1997: 620 učencev, uspeh 98,5 %, 25 oddelkov;
– 1997/1998: 589 učencev, uspeh 98,81 %, 25 oddelkov;
– 1998/1999: 598 učencev, uspeh 97,98 %, 25 oddelkov;
– 1999/2000: 596 učencev, uspeh 99,16 %, 25 oddelkov.
Šolsko leto 1999/2000 je bilo zelo pomembno, saj se je z vstopom v 21. stoletje začelo uvajati devetletno šolanje v krogih postopnosti za največ 10 odstotkov osnovnih šol v Sloveniji. Osnovna šola Prevalje se zaradi prostorskih težav ni takoj vključila (manjkale so telovadnica, jedilnica in kuhinja). Po ureditvi razmer so imenovali projektno skupino, ki je vodila priprave za zagotovitev prostorskih in kadrovskih pogojev. Šola je organizirala roditeljske sestanke za starše prihodnjih prvošolčkov in jih natančno informirala o vsebini dela v devetletki. Uredili so učilnice z igralnimi kotički in posebni vhod za najmlajše. K učiteljici so uvedli še dodatno vzgojiteljico v 1. razredu. V vrtcu ni več male šole, za najmlajše je organizirano jutranje varstvo in podaljšano bivanje. V razredu so tudi učenci s posebnimi potrebami, zato se je v razredu znižal normativ z 28 na 24 učencev. V šolskem letu 2003/2004 so intenzivno stekle priprave na obvezen prehod 5. razreda v 7. razred devetletke. Učenci 5. razredov so postali sedmošolci.
»Devetletka je prinesla v šolo večjo sproščenost, učenci so napredovali na govornem področju. Celodnevna šola morda ni bila uvedena v pravem času,« pravi ravnateljica. Učenci, starši in učitelji so novost dobro sprejeli.
Spremembe so zahtevale novo načrtovanje kurikuluma, skrbne priprave učiteljev za izdelavo učnih in delovnih načrtov, usvajanje novih pristopov in nove metodologije, zlasti za prvo triado, saj so v šolo prihajali leto dni mlajši učenci. V šolskem letu 2005/2006 se je osemletni program osnovne šole v 5. razredu poslovil in vrata na široko odprl čisti devetletki.
Predvideni so bili opisno ocenjevanje na razredni stopnji od 1. do 3. razreda, zunanja diferenciacija pouka za 8. razrede oziroma stalni nivojski pouk v treh zahtevnostnih skupinah in v manjših skupinah učencev pri matematiki, slovenskem in angleškem jeziku. Spodbudil je zavzeto delo, sledili so dobri rezultati. Učitelji so se učencem lahko individualno posvetili, kar je omogočalo hitrejši napredek učenca. Drugi razlog je v številčnem ocenjevanju vzgojnih in izbirnih predmetov, pri katerih je visoka notranja motivacija. Zaradi predure oziroma ure izbirnega predmeta je bil začetek rednega pouka premaknjen z 8.00 na 8.15. Program devetletne osnovne šole učitelji izvajajo uspešno, učenci dosegajo boljši učni uspeh, kot so ga imeli v osemletnem osnovnošolskem programu. Ta rezultat pripisujemo dejstvu, da učitelji uporabljajo pri pouku aktivnejše metode in oblike dela. Od uvedbe devetletke dalje se učenci odločajo za manj krožkov, saj njihove interese v veliki večini zadovoljijo že izbirni predmeti. Izbirni predmeti ob uvedbi devetletke so bili: računalništvo, nemščina, ples, gospodinjstvo, športna vzgoja in likovna vzgoja. Med obveznimi predmeti sta bila še etika in verstva, vendar ju ni nihče izbral.
V šolskem letu 2006/2007 sta bili ponovno uvedeni dve ocenjevalni obdobji: prvo ocenjevalno obdobje traja od 1. septembra do 31. januarja, drugo ocenjevalno obdobje pa od 1. februarja do 24. junija, razen za učence devetega razreda, za katere traja do 15. junija. Timsko delo, ki se je že prej odvijalo v šolskih strokovnih aktivih, je z devetletko postalo obveznost, saj v 1. razredu vodita učence razredna učiteljica in druga strokovna delavka, svoje delo morata usklajevati in dopolnjevati. Učnociljna naravnanost pouka, predvsem pa fleksibilna in zunanja diferenciacija ter medpredmetno povezovanje so pospešili razvoj timskega dela tudi v strokovnih aktivih druge in tretje triade.
Po upokojitvi ravnatelja šole Ivana Kušnika je bila na mesto ravnateljice izbrana Mira Hancman, pomočnica ravnatelja in razredna učiteljica, 1. septembra 2007 je prevzela vodenje šole.
Pevski zbori se vsa leta udeležujejo pevskih revij Naše pesmi naj donijo, 15. maja 2007 se je nastopa v Črni udeležilo 140 pevcev iz šole Prevalje.
Ministrstvo za šolstvo in šport RS je odločilo, da se od šolskega leta 2008/2009 v spričevalo ob zaključku leta vpišejo samo ocene posameznih predmetov, in sicer v prvem triletju opisno, v drugem in tretjem pa številčno. Generacija 2007/2008 je bila zadnja generacija v Sloveniji, ki je imela v spričevalu ob zaključku šolskega leta zapisan splošni učni uspeh. V devetem razredu so se poleg ocen zapisali tudi dosežki učenca pri nacionalnem preverjanju znanja ob koncu tretjega obdobja. V večini evropskih držav v osnovnih šolah splošnega učnega uspeha ne poznajo. E-redovalnica je bila prvič uvedena v šolskem letu 2007/2008, najprej na predmetni stopnji, to možnost je takoj uporabljalo 80 odstotkov staršev.
Pomembna pridobitev v tem desetletju je novi Vrtec Krojaček Hlaček, ki je nadomestil dva dotrajana vrtca, v Zgornjem kraju in Pod gonjami, in je pripojen k šoli. Poimenovali so ga po Suhodolčanovem literarnem junaku Krojačku Hlačku. Odprtje novega vrtca je bilo 10. septembra 2013, častni gost je bil minister za šolstvo Jernej Pikalo, nekoč učenec šol na Lešah in Prevaljah. Vrednost vrtca je bila 3,27 milijona evrov. V njem je prostora za 13 oddelkov z igralnimi površinami in sodobno opremo, ima tudi igrišče. Šola je 22. decembra 2013 praznovala 50-letnico šole na Polju s prireditvijo in razstavo. Ob jubileju je dobila nov, sodobni logotip šole, ki ga je izdelal arhitekt Borut Bončina, nekdanji učenec šole.
Poleti 2014 je bila v rekordnem času izvedena energetska sanacija vseh šol; matične šole, podružnic Holmec, Leše ter Šentanel in stare telovadnice. Kot energent po novem uporabljajo lesno biomaso, s tem so znižali stroške ogrevanja za 70 odstotkov. Projekt je stal 1,2 milijona evrov, nepovratna sredstva za en milijon so pridobili iz kohezijskega sklada. Sanirali so stavbne ovoje, namestili učinkovitejši ogrevalni sistem in vzpostavili digitalni obratovalni monitoring. Pred šolo, zaznamovano s kulturo, je bil v okviru čezmejnega občinskega projekta Reg-Kult postavljen spomenik Krojaček Hlaček ob 55-letnici bralne značke, spomenik branju v čast. Spomenik je delo akademskega kiparja Jiřija Kočice, ki je upodobil Suhodolčanovega literarnega junaka po podobi ilustratorke Marlenke Stupice s soglasjem družine Suhodolčan in ilustratorke. Odkritje je bilo 11. septembra 2014 v prisotnosti predsednika Republike Slovenije Boruta Pahorja, predsednice Društva Bralna značka Slovenije dr. Dragice Haramije, pisatelja Toneta Partljiča, Mance Perko, župana dr. Matica Tasiča, pisateljev, učencev in drugih gostov.
V letih od 2006/2007 do 2018/2019 je bil učni uspeh učencev med 99,3 in 99,64 odstotka. Narašča število učencev iz drugih držav, iz Kosova, Srbije in Bosne. Največje težave imajo učenci s slovenskim jezikom, najbolj uspešni so pri matematiki in angleškem jeziku.
Učni uspeh učencev:
– 2000/2001: 579 učencev, uspeh 99,65 %, 25 oddelkov;
– 2001/2002: 570 učencev, uspeh 98,77 %, 25 oddelkov;
– 2002/2003: 590 učencev, uspeh 99,81 %, 25 oddelkov;
– 2003/2004: 581 učencev, uspeh 99,48 %, 25 oddelkov;
– 2004/2005: 581 učencev, uspeh 99,66 %, 25 oddelkov;
– 2005/2006: 570 učencev, uspeh 98,77 %, 25 oddelkov.
