Izgnanec v fašistični Italiji, pedagog v NOVJ
V drugi svetovni vojni je Gačnik ponovno doživel veliko gorja. Njegova nekdanja učenka Hedvika Jamšek je v Koroškem fužinarju zapisala: Aprila leta 1941, ko je izbruhnila vojna, je bila moja prva pot k tebi z vprašanjem, kaj mi je storiti. Tvoj odgovor je bil: »ostani, tudi tukaj te bo potrebovala domovina, a jaz moram iti, toda vrnil se bom!« Pred nacisti se je umaknil v Ljubljano, žena Mira pa k svojim staršem v Maribor, kjer je glede na zapis v Šolski kroniki guštanjske osnovne šole »nadaljevala učiteljsko službo v času od 8. IX. 1942 do 1. IV. 1945«. Po podatkih njenih daljnih sorodnikov naj bi bila sicer izgnana v Srbijo skupaj njenim starejšim bratom Franom Šijancem, ki je bil 10. junija 1941 pregnan v Aranđelovac iz Celja, kjer je bil tedaj profesor. V nemškem uradnem seznamu izgnancev s Spodnje Štajerske iz leta 1941 je zapisano njegovo ime in priimek, medtem ko Mire Gačnik ni na seznamu.
Gačnika so v Ljubljani zaradi sodelovanja z Osvobodilno fronto fašisti v aretirali v veliki raciji 24. februarja 1942 in ga odgnali v zapor v Padovi. Od tam so ga 13. junija 1942, na god mestnega zavetnika sv. Antona Padovanskega, poslali v izgnanstvo. Znašel se je v vasi Torricella Pelignav Abrucih v osrednji Italiji. Dne 8. septembra 1943 je Italija kapitulirala, vas so zasedli Nemci, vendar jim domačini niso izdali izgnancev. Uspelo mu je pobegniti in po različnih pripetljajih se je končno prebil do zbirnega taborišča Narodnoosvobodilne vojske Jugoslavije (NOVJ) v kraju Gravina v Apuliji na jugu Italije, kamor je prispel 25. januarja 1944. Tam je vodil prosveto primorskih Slovencev, ki so zapustili italijansko vojsko in so se vključili kot partizani v NOVJ. V dvajsetih tečajih, ki jih je vodil Gačnik, so se učili slovenskega pravopisa, zemljepisa in zgodovine. Zanje je napisal Kratko slovnico za učni tečaj slovenščine, obenem pa sestavil posebno Taboriščno čitanko, ki so jo izdali v ciklostilu leta 1944 v 800 izvodih. V njej so trije njegovi prispevki: Slovenski svet, ti si krasan!, Odlomki iz naše zgodovine in Po Jugoslaviji.
Franc Verovnik