Leta 1958 je za organizacijo vzgojne posvetovalnice in za sodobna vzgojna načela ter vzgojne metode prejela Žagarjevo nagrado.
Preminula je sredi delovne vneme − neumorna in odgovorna kot je bila, je slabo počutje ni odvrnilo od dela. V odmoru med dvema pogovoroma s starši je omedlela in po možganski operaciji po treh tednih umrla 30. aprila 1968 v Ljubljani, povsem premlada − stara le 47 let.
Leta 1978 so šolo za otroke s posebnimi potrebami v Kranju poimenovali po Puharjevi. Takratna ravnateljica Anka Zevnik se je zavzela in uspela z ženskim imenom, pomembnim v stroki in v slovenskem prostoru.
Najlepši nekrolog ji je posvetil še en izjemen pedagog tedanjega časa – profesor dr. Franc Pediček: »Helena Puharjeva nas je zadnja leta znova in znova presenečala s svojo pedagoško živostjo, življenjskostjo in prizadetostjo. Lotevala se je v govorjeni in pisani besedi vzgojnih vprašanj, katerih nismo rad načenjali. A preveč je vsa živela za svoje delo in iz njega, da bi zamolčevala stvari, četudi boleče in neprijetne za nas vse… Zadnje pisane in govorjene besede tovarišice Helene Puharjeve so pravi biseri slovenske pedagoške misli in besede. To so labodji spevi široko razpetega intelekta, zažganega srca in zaskrbljene duše, polne žalostnega slutenja, kaj bo s človekom, če se ne bo čim preje povrnil nazaj k samemu sebi in k svoji človečnosti.«
(Dr. Franc Pediček, Odšla je… , Naša skupnost, Ljubljana Moste-Polje, maj 1968)
