V Litostroju niso zmogli omejiti odhodov izkušenih, visoko izobraženih in usposobljenih kadrov, na nekatera izpraznjena mesta pa so prerazporejali obstoječe kadre, tudi take z neustrezno izobrazbo in izkušnjami – v letu 1990 je kadrovska služba vodila preusposabljanje 845 posameznikov, ki so se znašli v takem položaju.
Leta 1990 je odšlo iz podjetja približno 10 odstotkov zaposlenih, med njimi so bili večinoma taki, ki jih je podjetje potrebovalo. Odšlo je triintrideset delavcev z visoko ali višjo izobrazbo, prišlo pa je le 15 novih. Odšli zaposleni so kot razlog odhoda navedli strokovno brezperspektivnost, slabo organizacijo delovnega procesa, slabo vodenje in slabo informiranost, šele na tretjem mestu pa prenizke osebne dohodke.
V članku o Litostrojevi modelni mizarni, objavljenem v enajsti številki glasila Litostroj l. 1989, beremo: »Ob vsem pohvalnem o modelni mizarni pa ostaja grenak priokus naše slabe kadrovske politike in brezskrbnosti do kadrov, ki so nam tako ali drugače odšli. Povsod po tovarni se vidi naravnost zastrašujoča praznina med starim, preverjenim kadrom in mladimi ljudmi, ki še dolgo ne bodo obvladovali svojega poklica.«
Podjetje je imelo v novih gospodarskih razmerah zelo veliko zaposlenih – leta 1988 jih je bilo skoraj pet tisoč – in predimenzionirano režijo.
Devetdeseta leta
Konec 1988 je imel Litostroj za 90 milijonov neplačanih računov in kreditov. Dolg mu je tekom naslednjega leta uspelo znižati pod 40 milijonov, vendar je imel spomladi leta 1990 zaradi nelikvidnosti znova blokiran račun in se je le s težavo izogibal grozečemu stečaju.
V tem času je vračal visoka posojila s 50-odstotnimi obrestmi, kar dva milijona dolarjev pa je moral mesečno nameniti za davke in prispevke. V prvem polletju 1990 je imel Litostroj 7,9 milijona dolarjev izgube, zato je delavski svet Litostroja sprejel program preobrazbe in reorganizacije, ki naj bi potekal ob sodelovanju upnikov, bank in slovenske vlade. Poleg finančnih težav, tj. nelikvidnosti in blokade žiro računa, je podjetje pestilo pomanjkanje naročil in odhajanje strokovnih in sposobnih vodstvenih delavcev. Do konca septembra 1990 je kar 700 delavcev prejelo odločbo o začasnem prenehanju z delom. Dne 25. oktobra 1990 je Litostroj šel v prisilno poravnavo, nato pa se je podjetje preoblikovalo v kapitalsko družbo oziroma holding. Litostrojeve programe so zaokrožili v na novo ustanovljenih samostojnih poslovnih podjetjih, ki so prevzela tudi nabavne, prodajne, vzdrževalne ter delno tudi finančne in projektne službe, ki so bile dotlej centralizirane.
Spomladi 1991 je v Litostroju delalo 3.554 zaposlenih. Tega leta se je podjetje preoblikovalo v koncern Litostroj, v okviru katerega so začele delovati samostojne družbe Tovarna turbin, Tovarna ulitkov, Tovarna črpalk, Tovarna viličarjev, Tovarna preoblikovalne opreme in Tovarna industrijske opreme. Osrednja dejavnost Litostroja v tem času je bila proizvodnja opreme za hidroelektrarne in proizvodnja črpalk, ki sta skupno obsegali do 80 % proizvodnje. Že pred razpadom skupne države se je koncern preusmeril na zahodni (Združena Nemčija, Francija, Italija) in vzhodni trg (Iran), saj je izgubil velik del tržišča z razpadom Sovjetske zveze, prav tako pa ni mogel računati na investicije v Jugoslaviji. Po osamosvojitvi se je domači trg skrčil na 15 % nekdanje velikosti.
V prvi polovici devetdesetih let je uprava podjetja skušala sanirati finančno stanje Litostroja z zmanjšanjem števila zaposlenih, s prodajo premoženja, ki za neposredno poslovanje ni bilo potrebno, poskušala pa je pritegniti tudi svež kapital tujih podjetij oz. podjetje privatizirati.
Koncern se je leta 1992 še zmeraj spopadal z nelikvidnostjo, pomanjkanjem sredstev za nakup repromateriala in zastoji proizvodnje. Do konca leta je v njegovih družbah delalo le še 2400 delavcev.
