Županova jama je prva večja in kapniško bogata odkrita jama na Dolenjskem, s šolskimi primeri različnih vrst podzemeljskih kraških pojavov in oblik, v okolici jame so opazni značilni površinski pojavi dolenjskega krasa. Le malo je krajev v Sloveniji, kjer je na tako majhnem prostoru nakopičenih toliko geoloških znamenitosti kot na tem območju.
Na zdajšnji nadmorski višini jame (410 metrov) je pred 200 milijoni let pljuskalo morje; na njegovem dnu so nastajale kamnine, ko so se sloji apnenca in drugih kamnin odlagali v vodoravni legi. Iz morfologije Županove jame, jamskih sedimentov in skalnih oblik v jami se sklepa, da jo je prvotno izdolbla podzemna reka, ki je prenikala skozi apnenec. Ta se je kasneje s svojim tokom spustila globlje, v podzemlje, ki človeku danes ni dostopno. V preteklih geoloških obdobjih so različni pritiski in sile v zemeljski skorji povzročili gubanje in prelamljanje apnenčastih plasti, ko so se posamezne grude premikale navzdol in navzgor ali vodoravno. Prelomi, razpoke in lezike so tiste nezveznosti v kamnini, ob katerih podzemeljski rovi nastajajo, če so le dovolj velike in povezane, da lahko omogočijo vodni pretok.
V Županovo jamo vstopimo skozi Ledenico, poseben tip jame, kjer se vse leto zadržuje hladen zrak. Žepasta oblika s strmim vhodnim rovom, ki se odpira na pobočje, se zrači predvsem v zimskem času, ko hladen zrak tone pod toplejšega in ga izpodriva. Na dnu se ujame in se niti čez poletje ne segreje na več kot 4°C. V Ledenici je zaradi nižjih temperatur sige manj. Prvotno sta bili Županova jama in Ledenica ločeni, leta 1935 pa so raziskovalci med njima izkopali 34 metrov dolg rov in ju povezali.
Na vrhu Umetnega rova je močno zasigana Srebrna dvorana, ki je zelo bogata z najrazličnejšimi oblikami kapnikov: stalaktiti, stalagmiti, špageti, heliktiti, stalagmati – kapniški stebri, zavese, suhe ponvice. Na kapniku iz izjemno čiste sige se vidijo posamezne plasti kot letnice. Barvo kapnikom določa njihova sestava in starost. Čisti kalcijev karbonat je bele barve, različne primesi, kot so železovi, aluminijevi in drugi delci, pa sigo največkrat obarvajo rdečkasto, rumenkasto ali rjavkasto, kakršna je v Blatni dvorani.
Največji jamski prostor je Velika dvorana, ki je zaradi svoje oblike izredno akustična. Večji del dvorane je zasigan, dno je prekrito s prodornimi bloki. Najdemo tudi baldahine, zavese in palete. Županova jama je danes suha oziroma fosilna jama, zapolnjena s sedimenti.
