Znanstveni inštitut je bil ustanovljen med vojno (12. 1. 1944) in je naslednik Manjšinskega inštituta, ki je deloval v letih 1925 – 1941, ko je bil likvidiran. Njegovo delo je nadaljeval Znanstveni inštitut, katerega prvi direktor je bil dr. Fran Zwitter. Sprva je imel svoj sedež v gozdovih nad Bilpo ob Kolpi (občina Kočevje), nato v Kočevskem rogu ter od decembra 1944 na osvobojenem ozemlju v Črnomlju (v hiši na Kolodvorski ulici). Tu je deloval do 27. 4. 1945. Po vojni se je preimenoval v Inštitut narodne osvoboditve, njegovo delo pa so nato nadaljevali Inštitut za narodnostna vprašanja, Muzej ljudske revolucije Slovenije ter Inštitut za zgodovino delavskega gibanja.
Danes se kot nasledniki Znanstvenega inštituta štejejo Inštitut za narodnostna vprašanja, Muzej novejše zgodovine Slovenije in Inštitut za novejšo zgodovino.
V spomin na delovanje Znanstvenega inštituta v Črnomlju so Inštitut za narodnostna vprašanja in Muzej narodne osvoboditve 22.7. 1954 odkrili spominsko ploščo, katere avtorica je arhitektka Milica Detoni.
