Nemški okupator je že aprila 1941 zasegel premoženje v korist Pooblaščenca državnega komisarja za utrjevanje nemštva (Beauftragte des Reichskomissars für die Festigung Deutschen Volkstums) in ustanovil podjetje Cinkarna in metalna, d.d. Celje (Zinkhütte und Metall A. G. Cilli).
Novoustanovljeno podjetje je bilo 5. 5. 1941 postavljeno pod komisarsko upravo in vključeno v podjetje Bleibberger Bergwerks-Union s sedežem v Celovcu, ki ga je vodil dipl. inž. Gustav Heinisch. V Celju je ostala le tehnična uprava podjetja, trgovska uprava pa je bila na Dunaju pri firmi Metall & Farben. Neposredno je Cinkarno in Metalno, d.d. upravljal inž. Walter Grafenauer.
Ker je nemški okupator Cinkarno in metalno, d.d. smatral za vojni plen, ju je želel kar najbolj izkoristiti. Izvršene so bile le manjše investicije, kot npr. gradnja podvoza pod železnico za odvoz ogorkov iz Cinkarne, postavitev novega parnega kotla in montaža naprave za proizvodnjo cinkovega sulfata.
Vodstvu ob koncu vojne ni uspelo uničiti naprav v podjetju
Vodstvo Cinkarne je ob bližajočem zlomu nemškega rajha dobilo nalogo, da vse instalacije v podjetju uniči, a je to slovenskim delavcem in uslužbencem uspelo preprečiti. Precejšnja škoda je bila podjetju povzročena že s tem, ko je nemško vodstvo podjetja ob pobegu odneslo knjigo saldakontov in tehnično dokumentacijo.
Največjo gmotno škodo je Cinkarna utrpela zaradi bombnih napadov zavezniških letal februarja 1945. Tedaj je bilo porušeno kopališče s sanitarnimi napravami in tehničnimi pisarnami, skladišče za cinkovo belilo in deloma mizarska delavnica. Je pa po pobegu nemške uprave ostalo kar nekaj zalog izdelkov in surovin, ki jih zaradi prometnih težav niso mogli odpeljati.
