Po vojni je sledilo izjemno dejavno življenjsko obdobje. Poleg ilustratorstva in slikarstva je začel izdelovati freske, njegova kopija beramskega Mrtvaškega plesa je bila izbrana za razstavo jugoslovanske srednjeveške umetnosti leta 1950 v Parizu, za satirični časopis Pavliha pa je objavljal karikature o perečih političnih temah.
Od leta 1947 je nekaj let učil slikarstvo na Šoli za umetno obrt v Ljubljani. Leta 1948 je bil imenovan za docenta za slikarstvo na Akademiji za upodabljajočo umetnost v Ljubljani, leta 1963 je postal izredni, leta 1965 pa redni profesor na Akademiji za likovno umetnost v Ljubljani.
Poročil se je z Zlato Škafar leta 1946. Leta 1948 se jima je rodil sin Vasko. Vasko Pregelj (1948-1985), je podedoval vse talente svojega deda in očeta, bil je izjemen filmski ustvarjalec, fotograf, slikar, grafik in filmski publicist.
Razstavljal je na več kot sto skupinskih razstavah po Jugoslaviji in v tujini, prvo samostojno razstavo pa je dočakal leta 1950, skupaj z Miho Malešem in Maksom Kavčičem, v Moderni galeriji v Ljubljani. Leta 1952 je prvič razstavljal v tujini – v jugoslovanski galeriji v Parizu. Večkrat je sodeloval na Beneškem bienalu in leta 1955 v Tokiu. Rad je zahajal v Beograd in tam odmevno razstavljal, saj je bilo mesto takrat živahen umetniški center v mednarodnem prostoru. Številnim razstavam za časa njegovega življenja sledijo tudi posthumne. Moderna galerija v Ljubljani se mu je celovito posvetila dvakrat: leta 1963 z veliko samostojno razstavo in leta 2017 z veliko retrospektivo.
Poleg poučevanja, slikarstva in ilustracije so ga pritegnile tudi druge likovne tehnike. Kreiral je več impozantnih mozaikov: za spomenik taboriščnikom na Rabu, za delavski dom v Trbovljah, Ljubljana v borbi za poslopje Skupščine RS, Sutjeska za palačo zveznega izvršnega sveta v Beogradu in druge. Po Pregljevih osnutkih so izdelovali tapiserije.
Marij Pregelj je bil aktiven tudi v različnih likovnih združenjih. Leta 1960 ga je Zveza likovnih umetnikov Jugoslavije izvolila za predsednika, bil je predsednik odbora za likovno sodelovanje pri komisiji za kulturne zveze s tujino v Beogradu, udeleževal se je kongresov in mednarodnih konferenc, bil je član organizacijskega odbora za I. trienale likovnih umetnosti v Beogradu idr. Kot sourednik je pripomogel k izidu knjige Slovensko slikarstvo, ki je izšla leta 1966.
Marij Pregelj je umrl 18. marca leta 1967 na kirurški kliniki v Ljubljani. Pokopan je skupaj z očetom in sorodniki na pokopališču Dravlje.
