Uporniško gibanje ni bilo programsko usklajeno, zato so se posledice pokazale v neenotnem delovanju in slabi vojaški organiziranosti. Uporniške čete so bile razdeljene na več manjših skupin, ki so znotraj posameznih dežel delovale nepovezano in predvsem v lokalnem interesu; osrednja misel slehernega podložnika je bil boj zoper domačega graščaka. Puntarji sosednjih pokrajin si v spopadih, razen redkih izjem, niso priskočili na pomoč. Tudi ob plemiškem protiudaru je posamezna uporniška skupina branila le svoj okoliš in bila zato lahka tarča enotne ter bolje organizirane plemiške vojske.
Kljub vsemu kmečka vojaška organizacija ni potekala povsem brez izkušenj. Te so si kmetje v zadnjih desetletjih pred uporom pridobili z obrambo pred Turki. Po takratnih določbah obrambnih redov so bili namreč v deželno vojsko vpoklicani tudi podložniki, ki so se morali oskrbeti z orožjem. Mnogi kmetje so bili zato solidno oboroženi in vsaj za silo vojaško izurjeni. Oporišča so si urejali kar v protiturških taborih; prav zato so deželni stanovi po zatrtju upora zahtevali, da tabore podrejo, orožje pa oddajo graščakom, ki naj bi ga shranili na svojih gradovih. Orožje upornih kmetov torej ni bilo le za boj prirejeno poljedelsko orodje. Z denarnimi prispevki za kmečko zvezo so si lahko priskrbeli pravo hladno in strelno orožje, ki so jim ga kljub prepovedi osrednje državne oblasti dobavljali fužinarji, mestni okleparji in orožarji. Nekaj orožja so uporniki pobrali tudi po zavzetih gradovih.
Največja pomanjkljivost kmečke vojske je bila v tem, da se je ob turških napadih izurila le enostransko ? za obrambo in ne za napad. Na poraz je zagotovo v še večji meri vplivalo tudi dejstvo, da ni imela konjenice. In ne nazadnje, kmečki uporniki se niso mogli kosati z najemniško vojsko tudi zato, ker se je le-ta izurila v novi taktiki skupinskega pehotnega bojevanja, ki je uvajala hkratno uporabo dolgih sulic in strelnega orožja.
