Podružnična cerkev leži nekoliko iz vasi, na robu polja ob gozdu. Glede na ohranjena domača lokalna imena je vas v preteklosti stala ob cerkvi, a so se prebivalci kasneje – morda zaradi požara, ki je uničil celotno vas – preselili niže k Savi. Zbilje so kot kraj sicer prvič omenjene v prepisu listine iz leta 1216 (»Villach«). Vsaj od tega leta so bile Zbilje v Spanheimski posesti – do leta 1311, ko jih je Majnhard Ortenburški kupil od spanheimskega ministeriala Otona z Jetrbenka.
Cerkev je leta 1118 skoraj gotovo že obstajala, vendar ni bila v posesti istih gospodov kot cerkev v Smledniku oz. druge njene podružnice, ki so takrat že obstajale. Glede na njen zemljepisni položaj in patrocinij (sv. Janez Krstnik), bi bila lahko krstna cerkev mengeške pražupnije. Sicer je cerkev omenjena leta 1496, ko je bila posvečena. Z dovoljenjem ljubljanskega škofa Krištofa Ravbarja jo je posvetil pičenski škof Jurij. V škofovski vizitaciji iz leta 1668 je omenjeno, da je bil leta 1662 iz temeljev zgrajen nov prezbiterij, da je ladja popravljena, da je pred cerkvenimi vrati lopa, da zvonik stoji ločeno od cerkve in da cerkev nima pokritega obzidja.
Današnjo cerkev so na mestu podrte stare cerkve začeli zidati leta 1883, blagoslovljena pa je bila leta 1884 – od prejšnje cerkve naj bi ostale tri stene. Leta 1897 so podrli še stari zvonik, ki je bil samostoječ, in sezidali novega, prislonjenega pred zahodni vhod. V zadnjih desetletjih je bila cerkev večkrat obnovljena in zaradi trdovratne vlage sanirana.
Pravilno orientirana cerkev ima pravokotno ladjo z ožjim poligonalno zaključenim prezbiterijem in zvonikom na zahodu. Severno od prezbiterija je zakristija. Na zunanjih stenah prezbiterija sta naslikani dve freski: izjemo slabo ohranjena starejša freska s prizorom Kristusovega krsta in freska Lojzeta Čemažarja iz leta 1994 z istim prizorom.
V ladjo skozi odprto zvonikovo lopo vodi kamnit portal z ravno preklado z napisom »18 * TUKAJ JE HIŠA MOLITVE * 84«. Ta preklada je kopija prvotne, ki se nahaja pred cerkvijo. Ladja je kupolasto obokana. Na zahodu je pevski kor. Okna v ladji in prezbiteriju imajo polkrožne zaključke.
Glavni oltar sv. Janeza Krstnika iz leta 1665 je tipičen primer zlatega kranjskega oltarja iz 17. stoletja, ohranjen iz prejšnje cerkve. Omenjen je v vizitaciji iz leta 1668, ko piše, da je bil v novi prezbiterij na novo postavljen oltar sv. Janeza Krstnika. Na njem je zapisana letnica obnove 1884. V glavni niši je plastika s prizorom Kristusovega krsta, ki vključuje figuri Kristusa in Janeza Krstnika, ter Boga Očeta nad njima. V niši nad glavno je kip Marije z Jezusom, okrog pa so še plastike sv. Luka, sv. Janeza Evangelista, sv. Petra, sv. Pavla in sv. Florijana. Na menzi pod oltarjem je izrezljan in poslikan prizor Kristusovega krsta.
Lesena stranska oltarja sta oba iz 19. stoletja. Levi je posvečen sv. Valentinu in vsebuje njegovo sliko, podpisano M. Trpin, 1912, to je slikar Matej (Matevž) Trpin (1871–1926). Zraven sta kipa sv. Frančiška Asiškega in sv. Antona Padovanskega. Desni oltar je posvečen sv. Andreju in vsebuje njegovo sliko, podpisano MARX LAYER FIXIT, 1762, to je slikar Marko Layer (1727–1808), oče slikarja Leopolda Layerja. Zraven je plastika sv. Izidorja, druga pa je bila ukradena leta 1999 (kot tudi dve plastiki z glavnega oltarja).
