Vojne razmere niso več omogočale normalnega poučevanja. Leta 1943 je odšla v partizane, tam je nekaj mesecev opravljala službo brigadne bolničarke, nato pa so jo vpoklicali v glavni odbor AFŽ* za Slovenijo. Bila je zelo spretna v govoru in pisanju, zato se je angažirala pri snovanju različnih publikacij, ki so nastajale v partizanskih tiskarnah.
*AFŽ – Protifašistična fronta žensk je bila ženska družbeno-politična organizacija, ustanovljena 6. decembra 1942 v Bosanskom Petrovcu, Slovenska protifašistična ženska zveza kot njen samostojni del pa v Dobrniču 16. oktobra 1943. Po osvoboditvi se je SPŽZ preimenovala v Antifašistično fronto žena Slovenije.
V vojnih razmerah je Helena Puhar izrazila in izoblikovala svoj značaj in svoje življenjsko poslanstvo. Izkaže se njena borbena zavzetost: »Kar si je človek naložil, to naj tudi pogumno nosi. V življenju se je treba bojevati, kjer koli je mogoče kaj ukreniti…« (Helena Puhar: Ali smo starši res odpovedali?, Ljubljana, 1985). Hči Alenka Puhar pa v spremnem besedilu te pomembne vzgojne knjižice o vojnih časih med drugim zapiše:
»Ker ni zmožna opravljati poglavitne naloge vojščakov – povzročanja ran in smrti – in le z največjo muko tisto, kar v takšnih okoliščinah postane ženska dolžnost – lajšati rane in smrti – kmalu neha biti bolničarka. Zna pa govoriti in pisati in prepričevati, in zaradi teh odlik postane aktivistka … Iz nekaterih ljudi naredijo vojne strahote pošasti, drugim pa znajo čudežno izvabiti najtoplejše tone dobrote.»
Tile stavki, ki jih je »Na terenu, 19. IV. 1944« napisala in podpisala Helena, so sestavni del neke okrožnice protifašistične ženske zveze:
»… Življenje naših nosečih sotovarišic postaja iz dneva v dan bolj važno. Kdo ga bo rešil, če ne me same, žene? Kdo bo skrbel za naše noseče tovarišice, ako ne bomo poskrbele zanje me, žene same? Doslej noseče borke iz edinic sprejema vojaška bolnica, civilistke pa bolnica za civiliste v Kanižarici pri Črnomlju. Toda po teh bolnicah je silno pomanjkanje prostora in zato odidejo tovarišice v bolnico šele zadnje dni pred porodom. To prečesto kvarno vpliva na njih nosečnost. Tovarišice, mar ne bi mogle v svojem okrožju oskrbeti eno bivališče za noseče tovarišice ilegalke, ki se stalno ali vsaj v dobi svoje nosečnosti s svojo edinico zadržujejo na ozemlju vašega terena? V takem domu bi bile tovarišice do osmega meseca svoje nosečnosti, potem pa bi odšle v bolnico. Poizkusite! Malo dobre volje pa bo šlo!«
»Je to zmogla, ker je v njej živela slutnja, da bo imela ob letu sama otroka?« še zapiše hči Alenka, rojena tri mesece pred osvoboditvijo v Črnomlju.
