Mesec dni po začetku španske državljanske vojne 1936 je bil ponovno imenovan za avstrijskega konzula. Avstrijskim državljanom je pomagal pri odhodu iz Španije, izdajal avstrijske in madžarske potne liste za ogrožene nacionaliste in delal kot pomočnik za pobeg številnim uglednim falangistom.
Zbiral je tudi tajne podatke s področij ekonomije, politike in vojskovanja, v tem primeru za Tretji rajh.
Konzule je močno razjezil ta spodrsljaj generala Franca, ko je bombardiral mednarodno cono v Bilbau, še najbolj pa Wakonigga, ki se je silno ujezil in rekel, da ne bo nič prida, če se bo ob takem ravnanju samo mirno sedelo – nekoga bi bilo namreč treba poslati na ambasade v Saint-Jean-de-Luz, da bi izrazili svoj protest. Vsem se je ta zamisel zdela izvrstna in za odposlance so bili imenovani britanski konzul Stevenson, argentinski, švicarski in belgijski konzul ter seveda Wakonigg, nosilec konzulskega naziva Nemčije in Avstrije. Nalogo prevoza odposlanske skupine v Francijo je dobil britanski rušilec Exmouth.
