Proti koncu junija je začela stanovska plemiška vojska, ki so ji prišli na pomoč še cesarski oddelki, v nizu spopadov upornike polagoma razbijati. Najprej na Koroškem, kjer je bil po začetku vojaškega posredovanja upor zadušen v le nekaj dneh. Približno istočasno se je začel obračun plemiške vojske z uporniki tudi na Štajerskem. Že okoli 15. junija je Wolfgang Stubenberg pri Konjicah pobil okrog 400 kmetov.
Nekaj dni zatem so kranjski, štajerski in koroški deželni stanovi za skupnega poveljnika vojske vseh treh ogroženih dežel izvolili Jurija Herbersteina. Ta je vse poglavitne uspehe izbojeval s samo 900 vojaki, ki so jih že maja najeli štajerski deželni stanovi. Z vojsko je udaril proti Wildonu in Gleisdorfu pri Gradcu, osvobodil grad Viltuš pri Mariboru in nato premagal upornike še v Vuzenici.
Iz Vuzenice je skozi Slovenj Gradec odhitel proti Celju, kjer so kmetje nekaj dni prej zasedli celjski Stari grad. Ti naj bi večkrat zahtevali vdajo mesta, a so jih meščani zavrnili. Puntarji so zato napadli utrjeno Celje, ki pa se je odločno uprlo. Pred mestnim obzidjem je deželna vojska kmetom zadala uničujoč poraz. O omenjenih dogodkih je poročala v pesniški obliki na letaku zapisana nemška žolnirska pesem, najpomembnejši vir o celjski puntarski tragediji. V spopadu, ki se je odvijal nekje med 5. in 10. julijem 1515, naj bi po Herbersteinovem poročilu cesarju padlo okrog 2000 kmetov, po poznejšem, s konca 16. stoletja, pa okrog 700. S celjsko bitko je bilo velikih bojev z uporniki konec. Herberstein se je okrog 22. julija napotil na Kranjsko, zatem pri Rajhenburgu prečkal Savo in 25. julija prodrl globoko na Dolenjsko. Kmečkih zborovanj na Kranjskem ni bilo več, uporniki so se razšli in poskrili, nekateri pa že prej iz strahu pred Herbersteinovo vojsko pobegnili na Beneško. Do konca julija ali najpozneje v prvih dneh avgusta je bil kmečki upor v celoti zadušen.
