Zakon o zavodih je preoblikoval osnovne šole v javne vzgojno-izobraževalne zavode. Iztekla so se štiri redovalna obdobja in dve polletji. Šola se je v šolskem letu 1990/1991 vključila v projekt trimestrov – treh redovalnih obdobij, v projektu treh ocenjevalnih obdobij je prevaljska šola sodelovala v prvi skupini osnovnih šol Slovenije. Devetletna osnovna šola uvaja tri obdobja, ki obsegajo po tri šolska leta. V prvem triletju je ocenjevanje opisno (notranja diferenciacija), v drugem obdobju od 4. do 6. razreda je številčno ocenjevanje (fleksibilna diferenciacija), prav tako v tretjem obdobju od 7. do 9. razreda (zunanja diferenciacija). Prvo ocenjevalno obdobje je trajalo od 1. septembra do božiča, drugo od novega leta do 26. aprila, tretje od 3. maja do konca šolskega leta.
Ob polletju učenci niso več dobili spričeval. Namesto družbenomoralne vzgoje sta bila uvedena predmeta etika in družba v 7. in 8. razredu, potekala je prenova spoznavanja narave in spoznavanja družbe, izvajalo se je podaljšano opisno ocenjevanje, značilnosti so bile še zgodnejši pouk tujega jezika v 4. razredu, boljše materialne možnosti, čezmejno sodelovanje in vključevanje v številne projekte. Uvedena tri ocenjevalna obdobja so se izkazala za pozitivno novost.
Na razredni stopnji je bil uveden projekt integriranega pouka z opisnim ocenjevanjem, na predmetni stopnji nivojski pouk z občasno diferenciacijo pri angleščini, slovenščini in matematiki. Učenci prvega razreda so bili prvič opisno ocenjeni v šolskem letu 1993/1994.
Šola je organizirala fakultativni pouk nemščine od 3. razreda dalje.
Sredi devetdesetih let prejšnjega stoletja je Ministrstvo za šolstvo in šport RS uvedlo učbeniške sklade na osnovnih šolah, za tretjinsko ceno učbenikov, ki so jo plačali starši, so jih izposojali učenkam in učencem. V letih od 2006 do 2008 je ministrstvo postopoma v celoti prevzelo poravnavanje izposojevalnine, učenke in učenci si odtlej učbenike izposojajo brezplačno. V šolskem letu 2017 so prvič brezplačno prejeli vsa učna gradiva učenci prvih razredov. Pri izbiri učbenikov in učnih gradiv so učitelji avtonomni.
Upravljanje učbeniškega sklada na šoli vsa leta vodi knjižničarka Hedvika Gorenšek, ki organizira in izvaja vse dejavnosti za izposojo učbeniških kompletov v začetku šolskega leta. Ministrstvo je subvencioniralo tudi del malice za učence, regresiranje se je z leti zmanjšalo po uvedbi univerzalnega otroškega dodatka. Predmetnik je zajemal naslednje predmete: slovenski jezik, tuji jezik, zgodovino, geografijo, državljansko vzgojo in etiko, matematiko, kemijo, biologijo, fiziko, likovno in glasbeno vzgojo, športno in tehnično vzgojo ter gospodinjstvo. Ukinjena je bila srbohrvaščina. Pozneje so se nekateri predmeti preimenovali, in sicer likovna vzgoja v likovno umetnost, športna vzgoja v šport, državljanska vzgoja in etika v domovinsko in državljansko kulturo in etiko, tehnična vzgoja v tehniko in tehnologijo. Pouk traja 38 tednov po pet dni v tednu, tedenska obveznost učencev je 22 ur za prvo obdobje, 26 ur za drugo obdobje in 26 ur tedensko za tretje obdobje.
V šolski koledar so bili uvedeni prazniki: 8. februar, slovenski kulturni praznik; velikonočni ponedeljek, 25. junij, 31. oktober, 25. in 26. december. Uvedene so bile božično-novoletne počitnice, trajajo od 25. decembra do 2. januarja.
