V dednih čeških deželah so se stvari polagoma obračale na bolje. V bitki pri Lipanu leta 1434 so bili taboriti, radikalna veja husitov, dokončno premagani. Pogajanja s Čehi so potekala junija 1436 v Iglau in Barbara, tako meni Chillian, ob tem dogajanju gotovo ni stala ob strani.
Premirje s Čehi je Sigismunda in Barbaro ustoličilo za češka vladarja in slovesni prihod obeh zakoncev v Prago 23. 8. 1436 je predstavljal vrhunec spravnih slovesnosti po desetletjih političnih in vojaških sporov s husiti. Škof Philibert de Coutances je 11. 2. 1437 okronal Barbaro za češko kraljico v katedrali sv. Vida in kot običajno so ji v dosmrtno uporabo podelili določena mesta in posesti. »Barbara je prejela krono«, poroča takratni vir, »s privolitvijo gospode, vitezov in plemstva ter po volji meščanov Prage in drugih mest ob upoštevanju vseh tukajšnjih pravic in običajev.« S položaja kraljice je Barbara lahko navezala tesne stike z vodilnimi češkimi plemiči, njen diplomatski čut pa zgovorno ilustrira dejstvo, da se je začela učiti češkega jezika in je s številnimi vplivneži navezala ne samo formalne, ampak tudi prijateljske stike. Češki jezik je uporabljala tako v uradni kot privatni korespondenci.
Ne samo za Barbaro, tudi za Friderika II. in Ulrika II. Celjska, je Praga v letu 1436 predstavljala mesto uspeha. Sigismund je namreč 30. novembra na trgu Starega mesta v prisotnosti Ulrika II. Celjskega in drugih najvišjih cerkvenih in posvetnih dostojanstvenikov povzdignil Celjske grofe v državne kneze. Herman II. Celjski ni učakal te časti, za katero si je vse življenje trdo prizadeval; umrl je leto poprej v Bratislavi.
Sigismund je 2. julija 1437 odšel v Eger na pogajanja z nemškimi knezi, zato je Barbari in grofu Menhartu z Hradce prepustil upravljanje Češke vse do svoje vrnitve 12. avgusta 1437. Vrnil se je hudo bolan; mučila ga je putika in posledično gangrena. Njegova robustna konstitucija je končno klonila zaradi napora nenehnih potovanj, vendar tudi zaradi brezmejnega vdajanja prekomernemu uživanju hrane in pijače. Slabo fizično in psihično počutje naj bi Sigismundu še poslabšale govorice, da je Barbara kot upraviteljica na Češkem svoj položaj izrabila in navezala stike z visokimi uradniki – deželnim zakladnikom Alešem Holickýjem s Sternberga, dvornim mojstrom Hýnekom Ptáčekom in tistimi utrakvisti, ki niso bili naklonjeni Sigismundovemu imenovanju Albrehta V. Avstrijskega za naslednika na Češkem.
Takratni kronisti so omenjali politični scenarij, po katerem naj bi ponudili češko krono poljskemu monarhu Vladislavu III. oz. njegovemu bratu Kazimirju, 45-letna Barbara pa naj bi celo razmišljala o poroki s takrat 13-letnim poljskim vladarjem.
Zgodovinska stroka za zakonsko krizo kraljevega para v letu 1437 ne navaja istih razlogov. Češki zgodovinar Kavka trdi, da Barbara ni nasprotovala soprogu, pač pa zetu Albrehtu V. Avstrijskemu kot bodočemu nasledniku na ogrskem prestolu. Zasnovala naj bi načrt, po katerem bi se s poljskim kraljem Vladislavom III. poročila njena vnukinja Ana, paru pa bi pripadla ogrska krona. Češki prestol je želela zasesti z Vladimirjevim bratom Kazimirom in vnukinjo Elizabeto, njej pa bi kot regentki pripadal velik vpliv tako na Ogrskem kot tudi na Češkem.
Sigismund se je zaradi težavnih razmer odločil, da zapusti Prago in se odpravi k Albrehtu in hčeri Elizabeti v Znojm na Moravsko. 10. novembra 1437 je iz mesta odšel v pompoznem slogu, ki je odgovarjal njegovemu načinu življenja. Zaradi bolezni so ga namestili v odprto nosilnico, oblekli v cesarski ornat in mu nadeli lovorjev venec. V spremstvu so bili kraljica Barbara, Ulrik II. Celjski, papeški legat in administrator Philibert de Coutances, vojvode in baroni, 1000 konjenikov in pehota (v sprevodu so bile tudi prostitutke, ki so jih Pražani prisilili k odhodu). V Znojm je prispel 25. novembra, umrl pa 9. decembra 1437, oblečen v mrtvaška oblačila in sedeč na prestolu. Na njegovo željo so ga pokopali v baziliki v Váradu ob nogah njegovega velikega vzornika madžarskega narodnega svetnika Ladislava in v bližini prve žene Marije Ogrske. Soprogi Barbari niso dovolili, da bi se udeležila pogreba.
Po besedah številnih zgodovinarjev je s Sigismundom Luksemburškim umrl »poslednji vitez Evrope«. Njegovo čaščenje ogrskega kultnega svetnika sv. Ladislava in viteških vrednot naj bi bilo izraz srednjeveške miselnosti, medtem ko so njegov družabni stil, pragmatična politika ter dojemljivost oz. odprtost za vse novo, tako v gospodarstvu kot kulturi, kazali osebnost, ki je ustrezala profilu zgodnjega predstavnika humanizma. Nesporno pa je bilo biološko dejstvo: z njim je izumrla moška veja luksemburške hiše.
Za Barbaro je Sigismundova smrt predstavljala zadnjo pomembno prelomnico v življenju; tako Sigismund kot Albreht sta očitno v njej videla nasprotnico, ki ima dovolj moči in podpornikov, da lahko onemogoči Albrehta V. kot naslednika Sigismunda na češkem in ogrskem kraljevem prestolu. Viri o Barbarini usodi po smrti Sigismunda so številni, toda vsebinsko se med sabo razlikujejo, zato so različne tudi zgodovinske interpretacije dogodkov v letih 1437 – 1441. Nekateri zastopajo stališče, da je dal Sigismund Barbaro sam pripreti že pred svojo smrtjo; 5. decembra 1437 naj bi jo Matkó Tallóci, slavonsko dalmatinski ban, skupaj z njenimi zakladi prepeljal v Bratislavo in jo tam v priporu zadržal. Drugi so mnenja, da so Barbaro takoj po 10. decembru priprli v Znojmu na ukaz njenega zeta Albrehta, ki jo je nato najprej v Komáromu in nato v Budimu držal v priporu toliko časa, dokler nista sklenila sporazuma. Vsekakor so se dogodki odvijali s filmsko naglico. Energični Albreht V. je pohitel in si v manj kot štirih mesecih po smrti tasta zagotovil dolgo pričakovano dediščino. 18. 12. 1437 je bil na Ogrskem izvoljen za ogrskega kralja in 27. 12. 1437 od večine katoliškega plemstva in kalikstincev na Češkem za češkega kralja. 1. 1. 1438 je bil v Székesfehérvárju na grobu sv. Štefana okronan za kralja Ogrske; nemški volilni knezi so ga 18. 3. 1438 v Frankfurtu izvolili za rimsko nemškega kralja in 29. 6. 1438 se je dal v Pragi, v katedrali sv. Vida, okronati s češko krono.
Barbara je ostala v priporu verjetno do maja 1438; Čehi so že v decembru 1437 Albrehtovo nasledstvo na češkem prestolu pogojevali z njeno izpustitvijo iz pripora. Ptáček s privrženci mu je celo grozil, da se bo Češka priključila Poljski, če Barbara ne bo takoj izpuščena na prostost. Albreht, ki ni hotel zapraviti naklonjenosti Čehov, je popustil. Podal se je k Barbari v Komárom, jo pospremil v Budim in maja 1438 sklenil mir. Barbara je priznala Albrehta za češkega kralja in za to ji je Habsburžan prepustil več mejnih gradov na Ogrskem in ji zagotovil letno rento v višini 12.000 guldnov. Zgodovinar Chillian navaja, da naj bi bila pomiritev samo navidezna. Takoj ko je Barbara dobila prostost, je pobegnila na Poljsko, brez premoženja – 200.000 guldnov, ki naj bi ji jih izsilil Habsburžan. V Krakovu jo je poljski dvor pričakal z vsemi častmi, saj so videli v njej zaveznico pri nameravani osvojitvi češke krone. Poljski kralj Vladislav III. jo je primerno oskrbel s prihodki in tudi češki utrakvisti in taboriti, ki so Albrehtu nasprotovali, niso mirovali. Ptáček je ponudil češko krono najprej Vladislavu III. in nato njegovemu 10-letnemu bratu Kazimirju. Spopad s Habsburžanom Albrehtom, nosilcem treh kron po junijskem kronanju v Pragi, je bil neizbežen, toda kratkotrajna vojna brez vidne zmage ene ali druge strani se je končala v začetku leta 1439.
Po sklenjenem miru s Poljaki, ki so odstopili od svojih namer, je na Češkem Albreht potrdil kot namestnika Ulrika II. Celjskega; imenoval ga je že oktobra 1438. Po Chillianovi interpretaciji naj bi se Ulrik po odhodu Habsburžana povezal s Poljaki, da bi Kazimirju predal češko krono, zato ga je maja 1439 Albreht razrešil in se odločil zlomiti tudi Barbaro. Dosegel je, da so jo 11. 6. 1439 v Budimu izobčili kot izdajalko domovine, njene posesti pa je izročil soprogi Elizabeti.
Zgodovinar Štih interpretira razrešitev Ulrika II. kot Albrehtovo spoznanje, da je vodstvo potrebno izročiti domačinu, zato je za glavarja Češke imenoval voditelja avstrijske katoliške stranke na Češkem. Prav tako zavrača trditve, da se je hotel Ulrik z Barbarino pomočjo polastiti češke krone.
Albrecht V. (II.) je bil sedaj kralj Češke in Ogrske, rimsko nemški kralj in pripadlo mu je tudi cesarsko dostojanstvo. Sigismundova odločitev, sprejeta na osnovi habsburško luksemburške dedne pogodbe leta 1364, da za naslednika izbere Habsburžana, je imela dolgoročne politične posledice. Položila je temelje večstoletni obdonavski monarhiji, saj so Habsburžani z dvema kratkima presledkoma obdržali rimsko nemški kraljevi oz. cesarski naslov več kot 350 let (do leta 1806), Ogrska in Češka pa sta ostali v monarhiji do leta 1918. Albreht V. (II.) svojih visokih naslovov ni dolgo užival; jeseni 1439 je umrl za grižo na vojaškem pohodu proti Turkom. Na Ogrskem in Češkem so ponovno vzplamteli nemiri, saj se je znova odprlo vprašanje nasledstva za češko in ogrsko krono – tudi na Poljskem, kjer je še vedno živela Barbara.
Na Ogrskem je bila kraljica Elizabeta ob Albrehtovi smrti noseča in vsi so čakali, ali se bo rodila hči ali naslednik ogrske krone. Ogrski velikaši so Elizabeto skušali prisiliti, da bi se poročila s poljskim monarhom Vladislavom III., da bi mu prepustili ogrsko krono, toda ona se je spretno izmikala. Poljski vladar, ki je sedaj imel na Ogrskem lastne interese, je Barbaro pridržal na Poljskem, njene vrnitve in možnosti nemirov, ki bi jih sprožila, pa se je bala tudi hči Elizabeta. Le-ta je 22. februarja 1440 rodila sina, se dokončno izrekla proti poroki z Vladislavom III. in sinu Ladislavu (s kasnejšim nadimkom Posthumus – Posmrtni) skušala zagotoviti ogrsko in češko krono. 15. maja 1440 je bil še ne trimesečni Ladislav ob podpori somišljenikov in sorodnika Ulrika II. Celjskega okronan za ogrskega kralja, toda pristaši Vladislava III. so razglasili Ladislavovo kronanje za neveljavno in 17. julija okronali za ogrskega kralja Poljaka.
V državljanski vojni, ki se je po imenovanju razplamtela na Ogrskem, je zmagoval Vladislav III., Elizabeta je postopoma izgubljala podporo, zato je predala obe hčerki in sina v varstvo ujca Friderika III. Habsburškega. Vladislav III. je, verjetno z namenom, da bi Elizabeti otežil položaj, Barbari Celjski vrnil svobodo in le-ta se je julija 1441 umaknila na Češko. Njene lastne politične ambicije kot da so z rojstvom vnuka Ladislava, legitimnega dediča češke in ogrske krone, usahnile, zato se lahko vprašamo, s kakšnimi cilji je prebegnila na Poljsko. Medtem ko je bil Chillian mnenja, da je Barbara imela v načrtu ustanovitev samostojnega kraljestva na Ogrskem in Češkem , ki bi bilo neodvisno od rimsko nemškega cesarstva, pušča mlajše zgodovinopisje to vprašanje odprto.
Leta 1442 je bila Elizabeta dokončno poražena; mir je bil sklenjen 16. decembra in tri dni kasneje je edina hči Barbare in Sigismunda Luksemburškega umrla. Tudi Vladislavov čas na Ogrskem je bil kratko odmerjen; leta 1444 je bil v bitki proti Turkom pri Varni ubit. Sedaj petletnega Ladislava Posmrtnega so leta 1445 na Ogrskem priznali za kralja, toda Ladislav je do leta 1452 – svoje polnoletnosti – živel v hiši cesarja Friderika III. Habsburškega.