Poleg šole se je župnik Jožef Hašnik lotil prenove trboveljske župnije, ki je takrat poleg Trbovelj obsegala tudi Hrastnik. Hašnik je prevzel župnijo v dokaj slabem materialnem stanju od župnika Grošlja. Pod njegovim vodstvom je z dobrim gospodarjenjem župnijo finančno stabiliziral in okrepil.
Župnik Hašnik je na izrecno željo Antona Martina Slomška prenovil in dozidal župnijsko cerkev svetega Martina, ki je dobila današnjo arhitekturno podobo z zadnjo prezidavo leta 1855. Temeljni fond za obnovo je bila zavarovalnina 480 goldinarjev, ki jo je Hašnik dobil, ko je leta 1854 zgorelo gospodarsko poslopje. Župljani so dali les, lastnik rudnika Franc Maurer pa opeko in posojilo. Spomladi 1855 so prišli tesarji iz Prebolda ter italijanski polir Skioni z zidarji in kamnoseki. Skioni je nekaj let prej zgradil železniški most v Zidanem mostu za Južno železnico.
Tako so cerkev podaljšali z zgraditvijo pevskega kora ter prizidkom na desni (južni) strani cerkvene ladje, v kateri je bil v prvotno precej manjši kapeli oltar sv. Rešnjega telesa, od leta 1690 tudi sedež Bratovščine sv. Rešnjega telesa. Kot je zapisano na spominski plošči ob oltarju, so leta 1863 v zahvalo za rodovitno leto hvaležni Trboveljčani postavili v že prej povečano kapelo nov oltar svetega Križa. Iz tega tudi izvira današnje ime tega dela cerkve – Križeva kapela.
Prenovili so tudi oltar v Marijini kapeli na levi (severni) strani cerkvene ladje. Oltar s podobo Rožnovenske Matere božje – današnji oltar je bil povsem novo delo ljubljanskega kiparja in podobarja Mateja Tomca iz leta 1861. Za freske je najel takrat zelo cenjenega slikarja Janeza Wolfa, ki je bil predstavnik nazarenske smeri in se je zgledoval po beneških slikarjih. Tako je banjasti obok ladje in prezbiterija poslikan s freskami Janeza Wolfa, ki jih je dokončal leta 1863. Župnijska cerkev je dobila tudi tri nove zvonove, ki jih je izdelal ljubljanski zvonar Samassa.
O velikih dogodkih v farni cerkvi sredi 19. stoletja pričajo tudi orgle, ki jih je leta 1865 izdelal znani mojster Franc Goršič. Te so bile po mnenju mnogih poznavalcev prava mojstrovina, vendar jih je zob časa (predvsem med vojno) načel tako močno, da jih ni bilo mogoče več popraviti.
Župnik Hašnik je zgradil siroko stopnišče do vhodnih vrat cerkve z zahodne strani (na mestu, kjer je današnje stopnišče pred cerkvijo). Prej sta bila namreč do nje samo dva dostopa (z vzhodne, ter severne strani). V ta namen je od podjetnika Kramerja dobil dovoljenje za gradnjo, pred tem je bilo namreč na tem mestu obzidje. Popravljena je bila tudi nedelujoča ura na cerkvenem zvoniku. Obnovil jo je mojster Janez Oblak iz Gorenjske.
O obsežnih prenove cerkeve pričata tudi spominski plošči. Najstarejša spominska plošča je v Križevi kapeli. Vzidana je v zid na levi strani oltarja neposredno ob vratih, ki vodijo v zakristijo. Tja so jo namestili trboveljski farani v hvaležen spomin na ‘rodovitno’ leto 1863, ko so končno dokončali vsa prenovitvena dela, povečali južno križevo kapelo in tam postavili nov oltar Svetega Križa.
Kamnita plošča, ki je bila do zadnje obnove cerkve vgrajena desno od glavnega vhoda v zidu pročelja, je kronogramski zapis, ki nam pove o graditeljih in letnici dokončanja prenovitvenih in razširitvenih delih župnijske cerkve. Na njej piše:RenoVatqVe aMpLIatqVe CIVItatis LoCaLIs VnItIs VIrIbus aC sVo periCLo sVb paroCho Iosepho HasChnik. Kar pomeni: »Cerkev obnavlja in širi krajevno občestvo s skupnimi močmi in z lastno nevarnostjo pod župnikom Jožefom Hašnikom« (prevod J. Smej, Kronogrami skozi čas, II). Na njej je tudi letnica in sicer 1855, ko je župnik Jožef Hašnik skupaj s farani končal vsa obnovitvena in razširitvena dela na župnijski cerkvi.
Poleg župnjiske cerkve je pod njegovim vodstom potekala obnova tudi v podružničnih cerkvah: v cerkvi sv. Miklavža v Lokah je cerkev dobila nov oltar, ki sta ga postavila Leopold in Alojzij Gotzl. Martin in Jakob Cajhen pa sta napravila nove orgle. Nove orgle in oltar so dobili v Dragi nad Hrastnikom, ki je takrat spadala pod trboveljsko župnijo. V podružnični cerkvi svetega Marka na Ostenku je bil pozidan pevski kor. Izdelali so novo ostrešje in zamenjali kamnito kritino z opečno. Na novo je bil pozlačen tudi glavni oltar. Obnovjena je bila majniška pobožnost ter škapulirska bratovščina. Prav tako je bilo povečano župnijsko pokopališče pri Kobac.
S 1. oktobrom 1869 je bil premeščen v župnijo Šentjur pri Celju , kjer je ostal vse do svoje smrti leta 1883. Pokopan je na šentjurskem pokopališču.
