Prvo večje naročilo je Vurnikova delavnica dobila iz Kranja. Leta 1852 so v skladu s tedanjim evropskim neogotskim valom želeli župnijsko cerkev očistiti vseh kasnejših renesančnih in baročnih elementov. Vurnik se je študiozno posvetil projektu, preučil je vse dosegljive knjige o znanih gotskih katedralah, si šel ogledat neogotska dela v Zagreb in prenovo cerkve v Kranju. V času površnega navdušenja nad vsesplošno regotizacijo je Vurnik za svoje delo požel veliko občudovanje. Hvalili so njegov smisel za skladnost, lepoto, filigransko natančnost in prefinjenost.
Dela Janeza Vurnika starejšega v kranjski cerkvi niso obstala. Naslednjo obnovo pod vodstvom deželnega konservatorja Franceta Steleta so sprožili leta 1934. Zanjo so se odločili zaradi dotrajanosti in neharmoničnosti opreme, v želji, da cerkev dobi spet izvirni srednjeveški videz*. Slavni oltar, ki je bil zaradi slabega vzdrževanja v izjemno slabem stanju, celo razjeden od črvov, je nadomestil z novim še en Vurnik – tokrat vnuk, arhitekt Ivan Vurnik, slike je prispevala njegova žena Helena Vurnik, kipe pa France Gorše.
*«… kajti »mizarska gotika«, kot so imenovali neogotske spomenike »dvomljive tišlarske vrednosti«, ni imela več nobene cene.« (Damir Globočnik: Kamnoseška in podobarska delavnica Janeza Vurnika st. in Janeza Vurnika ml. v Radovljici, Radovljiški zbornik 1992, str. 63). France Stele je leta 1934 priporočilih za obnovo cerkve »mizarsko gotiko« pojasnil, češ da je bil oltar namišljena mešanica gotike in da je celota naiven stolpičast nesmisel brez umetniške vrednosti. Steletov obračun s historično prenovo župne cerkve v Kranju je bil objavljen v Kranjskem zvonu, št. 5, 1934, str. 1
