Ustvarjal je v historičnih slogih. S svojimi pomočniki je lahko prevzel tudi obsežnejša naročila, vključno s stavbarskimi, predvsem za potrebe prenove cerkva, med izdelki njegove delavnice pa so bile tudi kapelice, znamenja, kipi, nagrobniki in stenske poslikave. Veljal je kot strokovnjak za prenovo starih oltarjev in arhitekture. Po njegovih načrtih so delovali tudi drugi umetniki – tako je npr. kranjski slikar Matija Bradaška po Vurnikovi zasnovi poslikal baročno cerkev v Begunjah. Med njegova najpomembnejša dela štejemo veliki oltar na Brezjah, stranska oltarja in krstilnik na Bledu in veliki oltar na Ljubnem ob Savinji. Prepoznavno je sodeloval pri izdelavi spomenikov Josipini Hočevar v Radovljici, Simonu Jenku v Kranju in Lovru Pintarju v Preddvoru. V Kranju je opremil kapelo v novi Gimnaziji, odprti leta 1897. Kot razberemo iz tedanjih novic, je Janez Vurnik izdelal bogat oltar v renesančnem slogu in prižnico. Za Kranjčane je bila kapela očitno izjemnega pomena, saj so zanjo radodarno prispevali sredstva, leto zatem pa jo je blagoslovil ljubljanski knezoškof Anton Bonaventura Jeglič.