Med letoma 1778 in 1790 se je seznanil s slikarjem Martinom Johannom Kremser-Schmidtom (en), čigar vpliv lahko zasledimo v kasnejših Layerjevih delih. Po očetovi smrti leta 1808 je sam prevzel vodenje delavnice. Razmere so se močno spremenile s francosko okupacijo leta 1809. Število naročil je drastično upadlo, zato se je lotil ponarejanja avstrijskih bankovcev po 10 in 50 goldinarjev. Razpisana je bila nagrada 1000 goldinarjev za tistega, ki bo razkril ponarejevalca. Dne, 28. junija 1810 je bila na domu Layerjevih izvedena policijska akcija v kateri so našli več ponarejenih bankovcev in orodje za ponarejanje. Aretiran je bil skupaj z ženo, bratom Valentinom in služkinjo. Teden dni kasneje je Valentin v zaporu umrl. Zaradi ponarejanja je bil Layer obsojen na pet let ječe, vendar je bil že pred oktobrom 1810 izpuščen. V zaporu se je zaobljubil, da bo, če bo rešen, poslikal kapelico Matere Božje na Brezjah.
V hudem požaru leta 1811 v Kranju sta pogoreli tudi njegova hiša in delavnica. Od stare hiše je ostala le ena stena, zato je moral hišo zgraditi nanovo. Leta 1812 oz. 1813 ga je v Celovec povabil lavantinski škof Salm. V Celovec se sicer ni preselil, je pa od tega časa dalje na Koroško in Salzburško pošiljal slike. Umrl je v svoji hiši v Kranju leta 1828.
Izdeloval je freske in oljne slike, večinoma za cerkve z nabožno vsebino, naslikal je tudi nekaj portretov. Slikal je skoraj izključno človeka. Znan je bil kot izredno hiter slikar, saj je veliko slik, sploh tistih, za katere je bilo plačilo skromno, končal v enem dnevu. Kvaliteta slik je tako odvisna od vloženega truda. Dela je redko podpisoval, brat Valentin jih ni nikoli. Pogosto so mu pri slikanju pomagali učenci. Zato je posamezne slike včasih težko pripisovati določenemu avtorju – velja, da so izdelek Layerjeve delavnice. Razvil je lasten, t.i. layerski stil, ki je črpal iz tradicije baročnega slikarstva na Slovenskem in družinske tradicije (slikar je bil že njegov ded Josip), v to pa vpletal elemente novejših tokov (Kremser-Schmidt, itd.). Tej smeri so sledili številni slikarji 19. stoletja na Slovenskem, npr. Franc Serafin Goetzl.
Na Kamniškem najdemo več njegovih del. V frančiškanskem samostanu v Kamniku visi slika Polaganje v grob, ki je njegovo lastnoročno delo. Za cerkev v Tunjicah je izdelal glavno oltarno sliko Tunjiška sv. Ane na oblakih (na običajne dni zakriva oltarne kipe) in poslikal južni manjši oltar. Za manjši oltar je izdelal tudi sliko Mati božja z detetom Jezusom, ki jo je leta 1899 zamenjala Koželjeva slika Škapulirske Matere božje, in sedaj visi nad južnim stranskim vhodom. Izdelal je tudi dvojno bandersko sliko s Pokrajino s tunjiško cerkvijo in župniščem ter sv. Ano v oblakih na eni ter Sv. Lukežom in sv. Katarino na oblakih na drugi strani. Za cerkev v Volčjem potoku je izdelal glavno oltarno sliko Sv. Ožbeja.
Med dela iz. Layerjeve bližine oz. iz Layerjeve delavnice sodijo slike: Sveta družina, ki je bila v lasti Ivana Lavrenčiča; Zadnja večerja, ki je bila v lasti zdravnika dr. Antona Binterja; Zadnja večerja, ki je bila v lasti Joška Steleta; glavna oltarna slika Sv. Miklavža v cerkvi v Podgorju; oltarna slika Sv. Štefana v cerkvi v Šmartnem v Tuhinju (verjetno pogorela med 2. svetovno vojno); sliki Sveta Lucija in Sveti Marko iz 2. polovice 18. stoletja v cerkvi sv. Miklavža na Gori; banderska slika Brezmadežna in sv. Jurij na konju za cerkev v Nevljah; stari križev pot za cerkev na Vranji peči ter Križev pot in dvojna banderska slika s sv. Antonom in sv. Jobom, nad njima sv. Marija na eni ter sv. Klementom in sv. Florijanom na drugi strani v cerkvi v Šmarci.
