Inštitut skrbi za srečevanja Slovencev in somišljenikov, si prizadeva za medkulturni dialog ter spodbuja strokovno in znanstveno razpravo v stičnem slovensko-nemškem prostoru.
Slovenski inštitut na Dunaju izhaja iz tradicije slovenističnega delovanja v avstrijski prestolnici. Predvsem si prizadeva nadaljevati delo bivšega Slovenskega znanstvenega inštituta, Platforme za prisotnost Slovencev na Dunaju in Dunajskega krožka.