Najpomembnejše področje njegovega literarnega ustvarjanja je vsekakor pripovedništvo. To je po obliki zelo raznovrstna kratka proza (črtice, novele, povesti), ki jo je sprva objavljal v revijah, kasneje pa tudi v samostojnih knjižnih izdajah.
Prvo novelistično zbirko z naslovom Mali ljudje je izdal leta 1911. Tej je sledilo še sedem zbirk proze: Brez zarje (1912), Ura z angeli in druge prigodbe (1912), Mimo ciljev (1914), Zakonci (1916), Črni panter (1920), antologijska zbirka Naša leta (1920) in Popotniki (1927). Nekaj novel je bilo leta 1916 izdanih tudi v hrvaškem prevodu (Pripovijesti). Največkrat je Pugelj posegal v malomeščansko okolje uradnikov in boemov ter v podeželski svet dolenjskih kmetov. Poleg brezupne vsakdanjosti malih ljudi je včasih kar naturalistično opisoval ljubezenske strasti, prevare in bolečine meščanov ter smešil kmečko hinavščino, skopost in zaostalost. Novele časovno zajemajo obdobje do prve svetovne vojne.
Čeprav je njegova proza tematsko zelo pestra, saj zajema folkloro, fantastiko, narodnostno in socialno tematiko, so v ospredju njegovega pripovednega sveta individualne zgodbe iz intimnega življenja šibkih in ranljivih »malih ljudi«. V ospredje torej postavlja posameznika, ne opredeljuje pa se do celotne družbe. Nikoli se ni politično izpostavljal (kakor npr. Cankar), le včasih s pomočjo literarnih oseb zasledimo določen odklon ali tiho podporo različnim političnim strujam.
V mnogih delih se na različne načine prepletajo avtobiografske prvine, včasih samo kot ozadje zgodbe (Zimska pot), spet drugič ga je nek dogodek prizadel do te mere, da je novelo uporabil za osebno izpoved (Tajnik). Za njegovo najbolj avtobiografsko delo pa velja novela Igra, v kateri opisuje pomanjkanje med vojno, ko se je v času nemih filmov preživljal z igranjem na klavir v kinu. Nadarjenost za glasbo, ki jo je podedoval po očetu, ga je rešila skrajne bede. Igrati neolikanemu, večkrat vulgarnemu, zgolj zabave željnemu občinstvu je doživljal kot bolestno in poniževalno izkušnjo. Poleg tega je klavir stal na prepihu izpostavljenem kraju, kar je načelo njegovo krhko zdravje.
