Ime kraja najverjetneje izhaja iz kakšnega nemškega osebenega imena, morda iz Meingo, Meningoz ali Mengoz, ki se pogosto omenjajo v raznih listinah od srede 10. do 12. stoletja.
V 15. stoletju se nemški fevdalci v listinah omenjajo kot Mangospurger, Mangespurger ali Manspurger, kraj pa Mangspurg in z izpadom g-ja končno Manspurg. Tako je nemško ime za Mengeš dobilo svojo dokončno obliko. Prvi Mengeški gospod je omenjen med leti 1154 in 1156. Mengeš je ostal vas vse do leta 1867, ko so ga povzdignili v trg. Leta 2004 so Mengšani praznovali 850. obletnico omembe kraja.
Naselje se je oblikovalo v bližini stare rimske ceste Emona–Celeia, zagotovo pa je bilo območje precej poseljeno že v prazgodovini saj so na območju našli številne izkopanine iz časov Ilirov in Keltov ter prazgodovinsko središče na Gobavici nad Mengšem.
V času naselitve Slovencev na območje je bila poselitev redka, najstarejša naselja pa so nastajala ob vznožju hribov in deloma na hribih. Glavno doseljevanje Slovencev na območju je potekalo v pasu vzdolž Kamniške Bistrice, od Stahovice do Ihana, prav tako je bilo poseljeno znožje hribov na območju Trzina, Mengša proti Komendi in Lahovčam.
Pri naseljevanju ali kolonizaciji naših krajev so imeli pomembno vlogo mejni grofje in krajišniki, ki so tako utrdili krajiško obrambo Kranjske marke. V naši okolici je bilo veliko fevdalcev in krajišnikov, zato je bila močna tudi kolonizacija. Drugo poselitveno obdobje, združeno z utrjevanjem vloge in moči Andeških grofov na Kranjskem, je trajalo do zadnje tretjine 13. stoletja. Najverjetneje je prav v tem obdobju nastalo največ vasi na našem območju. Kolonizacija se je v manjši meri nadaljevala še v 14. stoletju, v naslednjih stoletjih pa je ta potekala le še na zemljiščih, ki so jih pridobili na obrobju poselitvenega prostora.
Iz zgodovine Mengša so znani tudi turški vpadi. Najhujši so bili med letoma 1469 in 1483. V letu 1528, ko so Turki štirikrat pridrveli na Kranjsko, viri posebej omenjajo naše kraje. Zapisi navajajo, da je „na dan sv. Marjete, 13. julija, približno 10.000 Turkov pridivjalo do Ljubljane, nato pa so vdrli proti Dragomlju, Goričici in Mengšu. Starejše ljudi so pomorili, mlajše pa vzeli za sužnje. Mengšani, Trzinci in Domžalci so Turke napadli in jih precej pobili.” Pri vpadih je ključno vlogo odigral mengeški zvonik, ki je ločen od cerkve in je bil zaradi dobrega razgleda vključen v zaščiteno območje, tabor okoli cerkve, del katerega so odkrili tudi arheologi. Trikrat so območje zasegli tudi Francozi, ki pa so jih napadli Avstrijci leta 1813. Francozi so utrpeli velike izgube.
Leta 1789 je Marija Terezija vpeljala naborne okraje po ljudskem štetju in oštevilčenju hiš. Dobrih 30 let kasneje pa je nastal Jožefinski kataster, ki je vpeljal katastrske ali davčne občine.
Občine so na našem območju prvi vpeljali Francozi. Avstrijska oblast je po ponovni zasedbi območja obdržala francosko upravno ureditev.
Svoj pečat je pustila tudi druga svetovna vojna, ko so v Mengeš leta 1941 prišli Nemci, ki so najprej zasedli orožniško postojanko in jo organizirali po svoje.
Že po nekaj dneh so odstavili župana Karla Gregorca in za začasnega upravitelja imenoval Lojzeta Kanca ml.
Prve občinske volitve po vojni so v Mengšu potekale novembra 1947.
Od leta 1954 so naselja Veliki in Mali Mengeš ter njegovo nadaljevanje Pristava združena v Mengeš.
Leta 1959 se je mengeška občina, skupaj z moravško, pridružila domžalski občini.
Leta 1994 je nastala samostojna Občina Mengeš v današnjem obsegu.