Tudi med drugo svetovno vojno je nadaljeval s svojim poklicnim delom. Tako kot prej je imel na oskrbi prebivalce Guštanja in okolice ter vse zaposlene v guštanjski jeklarni.26 Nemci so po zasedbi Guštanja preverili njegovo poreklo, o čemer priča »Ahnenpass«, certifikat v obliki knjižice, ki so ga morali pridobiti državljani nacistične Nemčije, da so z njim izkazali svoje arijsko poreklo.27 V njem so navedeni podatki o njegovih prednikih v Ukvah za več generacij rodbine Errath nazaj vse do 18. stoletja. V njegovi zapuščini v KOK so tudi ustrezne listine s temi podatki. Zanje je zaprosil takratnega duhovnika v Ukvah, ki jih je uradno overil. Arijski certifikat je bil potrjen 20. oktobra 1941. Očitno je bilo vse v redu, zato so ga pustili pri miru.
Zgodaj spomladi leta 1943 je začel resneje sodelovati s partizani. O tem sodelovanju priča zanimiva pripoved njegovega brata Johanna iz Gradca, ki je bil nemški vojak v Grčiji. Med dopustom ga je leta 1943 obiskal v Guštanju. Ker je bilo takrat tam že območje partizanskega gibanja, so mu v vojaško izkaznico napisali, da med dopustom lahko nosi civilno obleko. Tako je lahko včasih spremljal dr. Erata na hišne obiske k bolnikom, na katere se je vozil s kolesljem. Med vožnjo je dr. Erat ves čas požvižgaval določeno melodijo, ki je v dogovoru s partizani pomenila, da je njegov sopotnik v redu.28 Nemcem je seveda postal sumljiv, očitali so mu, češ da povsem brez skrbi hodi povsod okoli. On pa jih je zavrnil: »Se nimam kaj bati: če si vi ne upate, ste pač figarji …« Ob tem se je skliceval, da morajo zdravniki po vesti in prisegi pomagati vedno in vsakemu. Odvrnili so mu, da sicer tega ne prepovedujejo, vendar zahtevajo, da zdravniki to pomoč prijavijo.29
Mnogim ranjencem je pomagal s sanitetnim materialom, sam jih je na skrivaj obiskoval in zdravil. Skrbel je za partizansko bolnišnico »Mirta«, ki je bila zgrajena poleti 1944 v Rožankovem gozdu nad Kotljami na pobočju Uršlje gore. Ko so nemški policisti 10. januarja 1945 aretirali Floro Kotnik iz znane Lubasove družine, ki je bila okrožna aktivistka AFŽ (Antifašistična fronta žena), so pri njej med raznimi dokumenti, ki jih ni uspela skriti, našli Eratove recept. Na osnovi tega dokaza so ga gestapovci zaprli v Dravogradu, nato pa premestili v celovške zapore. Od tam so ga izpustili, vendar se je moral z družino izseliti iz Guštanja. Zatekli so se k sorodnikom na Tirolsko, od koder so se vrnili domov poleti 1945.30
_____
26 Skitek V. Jugovzhodna Koroška v tretjem rajhu : znanstvena monografija. Maribor: Znanstvenoraziskovalni inštitut dr. Franca Kovačiča, 2018, str. 397–398.
27 Ahnenpass des Dr. Sebastian Errath dne 20. oktobra 1941, hrani KOK.
28 Irmgard Bohunovsky-Bärnthaler. Das Haus Marčul – Nr.5. in Uggovitz; eine Fallstudie zum Thema Migration. Geschichte der Familie Johann Errath vlg. Marčul. Tipkopis, 2016, str. 35–38.
29 Kuhar A. Dve zahvali, pod kateri se podpišemo vsi / ob delovnem jubileju dr. B. Erata. V: Koroški fužinar, 1954, 54(1–3), str. 14–15.
30 Ikovic A, Linasi M. Koroško partizansko zdravstvo: (Na Koroškem in Solčavskem). Ljubljana: Partizanska knjiga, 1985, str. 258.