Po prvih demokratičnih volitvah leta 1990 je bila pred skupščino Republike Slovenije (RS) 26. junija 1991 slovesno razglašena samostojnost RS. Pri usmeritvi za delo so v šolah upoštevali politične spremembe, v učnih načrtih so sledili smernicam Zavoda RS za šolstvo in črtali vsebine, ki niso ustrezale času. Slovensko šolstvo se je lahko prvič začelo razvijati samostojno, neodvisno od drugih šolskih sistemov. Med pomembnejšimi sistemskimi novostmi je bila ta, da je bilo poleg oblik državnega šolstva dovoljeno ustanavljanje zasebnih šol in izobraževanje na domu. V šoli sta bila ohranjena naziva tovarišica in tovariš, v javnosti sta se že začela uporabljati naziva gospa in gospod. S sten razredov so snemali Titove slike.
V šolskem letu 1990/1991 sta bili ukinjeni Mladinska in Pionirska organizacija, nadomestila ju je šolska skupnost ali skupnost učencev šole, ki združuje vse oddelčne skupnosti in skrbi za uveljavljanje interesov vseh učencev. V šoli je bil ustanovljen otroški parlament kot izvršilni organ skupnosti učencev šole, sestavljajo ga predstavniki oddelčnih skupnosti. Na zasedanju otroškega parlamenta lahko učenci spregovorijo o svojih težavah. Na državni ravni je vsako leto določena aktualna vsebinska tema, ki se izvaja z aktivnostmi skozi šolsko leto kot projekt vseh osnovnih šol po Sloveniji. Zaključijo ga v državnem parlamentu z nacionalnim otroškim parlamentom, ki ga tradicionalno prireja Zveza prijateljev mladine Slovenije (ZPMS), prisoten je predsednik državnega zbora, na katerega učenci naslovijo svoja razmišljanja in pobude.
Šolstvo se je začelo kakovostno spreminjati v humanejšo ustanovo, pedagoško delo v razredu je dobilo nov zagon s sodobnejšim metodami in oblikami.
Plače učiteljev je v celoti prevzelo Ministrstvo za šolstvo, materialni stroški šol so ostali na ramenih občin. S tem so prenehali veljati vsi samoupravni sporazumi in pravilniki o osebnih dohodkih, veljati je začel Zakon o plačah.
Za razvoj šolstva v samostojni Sloveniji sta 15. marca 1996 izšla pomembna zakona: Zakon o financiranju vzgoje in Zakon o osnovni šoli. Uvedla sta novosti, in sicer devetletno osnovno šolo, ki je zajela otroke od 6. do 15. leta starosti, izbirne predmete in nivojski pouk v tretji triadi. Veljati so začeli še številni drugi predpisi, Zakon o pravicah in dolžnostih učencev, Zakon o šolski inšpekciji, Zakon o šolskem koledarju, Pravilnik o preverjanju in ocenjevanju znanja in Pravilnik o publikaciji, ki je postala s šolskim letom 1997/1998 za šole obvezna.
Šole so na osnovi Zakona o osnovni šoli morale izdelati vzgojni načrt šole, ta je dopuščal večjo avtonomnost in svobodo pri izbiranju oblik vključevanja učencev v življenje šole. Vzgojni načrt šole izhaja iz ciljev osnovne šole in je del letnega delovnega načrta šole. Izšel je Pravilnik o napredovanju učiteljev v nazive (mentor, svetovalec, svetnik), obvezna sta postala šola za ravnatelje in napredovanje nepedagoških delavcev v plačilne razrede. Vse novosti in spremembe so zahtevale veliko izobraževanja učiteljev (študijske skupine, moduli).
