Ob preiskavi v njegovi pisarni so odkrili nadaljnje dokaze, zato je bil obtožen veleizdaje.
Proces je bil deležen velike medijske pozornosti, svoje mesto pa je dobil tudi v knjigah Georgea L. Steerja The Tree of Gernika (prevod: Gernikino drevo, 1938) in Hermanna Kestena Die Kinder von Gernika (prevod: Otroci Gernike, 1939), kjer se Wakonigg pojavi z izmišljenim imenom Perkonigg.
Zanimivo je, da tudi priimek Perkonig najdemo na avstrijskem Koroškem, od koder izvira oče W. Wakonigga. Nosi ga celo sicer danes nam manj znani avstrijski pripovednik in dramatik Josef Friedrich Perkonig, rojen v Borovljah. Po očetu puškarju in graverju Michaelu Perkonigu je bil slovenskega rodu. Sprva je imel do Slovencev negativni odnos, kasneje pa je s prevajanjem slovenskih avtorjev (Cankarja, Tavčarja, Kranjca …) veliko pripomogel k vzpostavljanju stikov med dvema sosednjima literaturama.
Vir: Stanka Sirk po spletni strani: https://sl.wikipedia.org/wiki/Josef_Friedrich_Perkonig
Posredovanja več držav za pomilostitev Wakonigga so bila neuspešna. 18. novembra 1936 je bil izročen na sojenje Ljudskemu tribunalu, ki mu je predsedoval vrhovni sodnik Bilbaa, in bil spoznan za krivega vohunstva ter obsojen na smrt. Naslednjega jutra ob 7.15 so ga pražnje oblečenega, z razvezano kravato, ki jo je razdrl pred zrcalom, preden je zapustil zapor, in z nezavezanimi očmi ustrelili vzhodno od Bilbaa v mestu Zamudio. Strelski vod se je pred streljanjem rokoval z njim, njegova smrt pa je bila zabeležena v vaški register smrti. Priče so povedale, da je menda pred smrtjo zavpil znani nacistični pozdrav HH!
