V spodnjo kapelo, posvečeno sv. Eligiju (588–660), vstopimo iz vhodne lope skozi romanski portal. Je osrednji prostor malograjske kapele, iz katerega vodijo stopnišča v kripto in zgornjo kapelo. Ladja spodnje kapele je banjasto obokan prostor, katerega strop krasi devet preprosto ornamentiranih okvirjev.
V njih so upodobljeni sv. Florijan, sv. Primož, sv. Felicijan, sv. Peter, sv. Pavel, sv. Mohor, sv. Fortunat, spredaj ob slavoloku pa še sv. Marjeta, zavetnica Kamnika. Na severni in južni strani stropa so upodobljeni svetniški pari: sv. Primož in sv. Felicijan, zavetnika Kranjske, sv. Peter in sv. Pavel, apostola in mučenca rimske Cerkve, ter sv. Mohor in sv. Fortunat, oglejska svetnika, zavetnika nekdanjega patriarhata in ljubljanske škofije.
Na temenu ladje je v sredini upodobljen prizor iz legende o sv. Eligiju in konju, pod njim pa napis »Sancte Aloi: ora pro nobis« z letnico poslikave 1828. Prizor prikazuje legendo, po kateri je sv. Eligij konju, ki se zaradi obsedenosti ni pustil podkovati, odsekal nogo, jo podkoval in nato čudežno pritrdil nazaj.
V prezbiterij spodnje kapele se povzpnemo po treh stopnicah pod romanskim slavolokom. Del slavoloka sestavljata dva stebra, katerih kapitela, skupaj s timpanonom vhodnega portala, predstavljata najstarejše arhitekturne elemente kapele. Na desni strani slavoloka je starejša freska, verjetno iz 15. ali začetka 16. stoletja, ki prikazuje sv. Erazma v škofovskem ornatu s svetniškimi atributi. Njegova upodobitev spominja na tisto, ki je naslikana na severni steni ladje v cerkvi na Sv. Primožu.
Na južni steni, poleg freske sv. Erazma, je viden ostanek freske, iz 15. ali 16. stoletja, ki je bila morda posvečena Devici Mariji, na njen votivni značaj pa kažejo klečeče ženske, moške in otroške osebe, pri katerih gre verjetno za člane iste družine, ter vsaj dva razpoznavna rodbinska grba. Fragmenti freske so danes močno poškodovani. Umetnostni zgodovinar dr. France Stele, ki jo je v prvi četrtini 20. stoletja videl v mnogo boljšem stanju, ostanke freske opiše takole:
„Na levi je klečeč mladenič z maksimiliansko prirezanimi dolgimi lasmi, pred njim kleči majhna rumenolaso dete; sledi na desno nagnjen grb obdan od listovja. Razdeljen je s pravokotno in vodoravno črto na štiri polja, katerih po dve v diagonalni smeri ležeči vsebujeta stolp s cinami, dve pa po dve prekrižani stilizirani palici, končujoči se z motivom podobnim burbonski liliji. Sledi nerazločen ostanek draperije, pod katerim je razločna neke vrste polkrogla, ki jo navzgor obroblja polmesec in se na nji nabira omenjena draperija. Izgleda, da je to ostanek Brezmadežne. Na desno od nje se nahaja drug grb od listovja obdan po strani ležeč. Nad njim čelada; grb je z vodoravno črto razdeljen v dva neenaka dela, spodnji po dveh navpičnih črtah razdeljen v tri polja. V zgornjem polju je viden enoglav orel z razprostrtimi perutmi; spodnja so popolnoma zabrisana. Ob grbu kleči otrok z dvignjenima rokama, za njim dorastla deklica in za njo žena, ki pa je od pasu gor uničena.”
Stele France, 1922, Politični okraj Kamnik: topografski opis, str. 80-82)
V sprednjem delu ladje, ob severni steni, se nahaja stopnišče, ki vodi v kripto. Prezbiterij spodnje kapele je leta 1771 poslikal Janez Potočnik (1749–1834). Na oboku slavoloka je napis z letnico 1771, nad njo pa so upodobljeni prekrižani ključi, podkev, rezilo sekire in prekrižana meča – simboli kovaškega ceha, ki je bil naročnik Potočnikove poslikave. Potočnikove freske so kvalitetne, a razmeroma slabo ohranjene. Na stropu prezbiterija je v središču naslikan Kristusov monogram IHS. Nad oknom baldahin iz rdečega blaga, ki ga ob straneh podpirata dva angela. Baldahin je nekoč krasil oltarni prostor apside, pred njim pa je nekdaj stal lesen oltar. Nekoliko pod baldahinom je znova letnica 1771, levo pod letnico pa je naslikan monogram Device Marije.
Nad severnim in južnim oknom prezbiterija sta naslikani dve podobi iz življenja sv. Eligija. Freska na severni strani prikazuje mladega svetnika kot rokodelca, ki izdeluje prestol za frankovskega kralja Klotarja II. (584–630). Klotar sedi pod modrim baldahinom in je, kljub dejstvu, da sta bila s svetnikom istih let, prikazan kot starec s sivo brado. Njegov kraljevski položaj nakazujeta prestol in krona, ki jo nosi na čepici. Zgodovinski sv. Eligij je v resnici služil frankovskima kraljema Klotarju II. in njegovemu bolj znanemu sinu Dagobertu I. (ok. 605/606–639). Kasneje je postal škof v francoskem Noyonu.
Na južni strani prezbiterija je sv. Eligij upodobljen kot škof, h kateremu se zatekajo berač na berglah, bolnik ali umirajoči, ter obsedenec, iz katerega v oblaku rumenega dima, ki izhaja iz njegovih ust, uhaja zli duh. Pod Potočnikovimi freskami v prezbiteriju spodnje kapele so vidni fragmenti starejših, poznosrednjeveških fresk iz začetka 15. stoletja, ki so bili odkriti leta 1994 in so očitno delo furlanskih mojstrov. Identificirati je mogoče simbole evangelistov, prizor Marijinega Oznanjenja na vzhodni steni in dve ženski svetniški postavi na južni steni prezbiterija.
