Cerkev sv. Janeza na Mirni se prvič omenja v listini, ki je bila izdana 14. junija leta 1265:
Ulrik III. Spanheimski, vojvoda Koroške ter gospod Kranjske in Slovenske marke, naznanja, da nimata ne on ne njegov deželni sodnik nobene sodne oblasti na zemlji freisinške cerkve, to je ne v Gutenwerdu ne drugod po Slovenski marki, izvzeti so samo primeri krvnega delikta, tatvine in posilstva. Dano v cerkvi sv. Janeza blizu gradu Nidekk (Mirna).
S to listino Ulrik III. Spanheimski omejuje svojo sodno oblast na območju freisinške cerkve v Gutenwerdu in drugod po Slovenski marki izključno na primere krvnega delikta, tatvine in posilstva. Obenem se odpoveduje tudi nekaterim s sodstvom povezanim dajatvam. V listini se prvič omenja cerkev sv. Janeza. Imenovana je ‘cerkev’, kar pomeni zidano in ne leseno stavbo, in je stala blizu gradu Mirna, ki se tukaj drugič v listinah imenuje ‘grad’. Na vprašanje, zakaj Ulrik III. ni izdal listine na mirnskem gradu, ampak raje v cerkvi pod gradom, zgodovinarji še niso dali odgovora. Ker je bila listina izstavljena za freisinško škofijo, je morda datacija v cerkvi dajala temu dejanju primernejši okvir, ni pa izključena tudi možnost, da bi bila to posledica kakega spora.
Za čas nastanka cerkve nam lahko pomaga tudi patrocinij, posvetitev cerkve določenemu svetniku. Pri izbiri patrocinija ni vladala slepa slučajnost. Vsaka doba časti svoje svetnike. Tako lahko sklepamo iz nastanka cerkvá o razprostranjenosti čaščenja svetnika oziroma iz dobe največje popularnosti patrona nastanek cerkve. Patronicij Janeza Krstnika spada v najstarejšo dobo pokristjanjevanja Slovencev. Krščanstvo so pri nas širili v 8. in 9. stoletju predvsem oglejski in salzburški misijonarji, ki so širili kult Janeza Krstnika kot zaščitnika prvih krstilnic. Prve krstilnice, posvečene Janezu Krstniku, so stale običajno ob rekah in jezerih in le v izjemnih primerih na hribih. V mirnskem primeru velja opozoriti še na ustno izročilo, po katerem je krstilnica stala na desnem bregu reke Mirne, ob prehodu preko mosta sredi vasi, na kraju nekdanje javne tehtnice, in je bila lesena.
V 9. stoletju so se misijonska središča že preoblikovala v urejeno cerkvenoupravno strukturo. V ta čas spada tudi največji razmah čaščenja Marijinega vnebovzetja pri nas. Josip Gruden meni, da so imele župnijske cerkve navadno patrocinij Marijinega vnebovzetja, krstilnice pa Janeza Krstnika, in pri tem navaja kot primer župnijo Trebnje. To torej pomeni, da je bila trebanjska župnijska cerkev matična cerkev krstilnice sv. Janeza Krstnika na Mirni.
Župnija Trebnje, ki se omenja že leta 1163 in je bila v lasti oglejskih patriarhov do leta 1448, je najverjetneje nastala sredi ali v drugi polovici 11. stoletja na ozemlju koroških Trebanjcev, posestnikov starega trebanjskega gradu. Ni zavreči misli, da je bila tu stara lastniška cerkev v okviru šentviške pražupnije, morebiti pa celo neko zelo staro cerkveno središče, kot bi bilo mogoče sklepati po odkritem staroslovanskem grobišču iz obdobja kottlaške kulture.
Za cerkev sv. Ruperta v Šentrupertu poznamo prvo listinsko omembo sicer šele iz leta 1163, ko je v njej (apud Crilog in ecclesia S. Ruberti) oglejski patriarh Ulrik II. sklical kapitelsko posvetovanje. Po tem lahko sklepamo, da ta stavba ni mogla biti skromna, saj je bila sedež takrat ene največjih župnij na Slovenskem, katere začetek moramo sodeč po listini iz leta 1044, v kateri Hema Krška podeli vas Škrljevo in nekaj drugih vasi krškemu samostanu, iskati v sredini 11. stoletja. Glede na patrocinij sv. Janeza Krstnika Janez Höfler domneva, da je bila to prvotno stara krstna cerkev šentrupertske župnije. O tem, kdaj je bila zgrajena, lahko samo ugibamo. Glede na okoliščino, da je mirnski grad pripadal Višnjegorskim kot dedičem Heme Breško-Seliške, smemo prav tu iskati razlog za njeno zgodnjo postavitev, čeprav jo od matice v Šentrupertu loči nekaj kilometrov. Marko Marin meni, da je krstilnica na Mirni služila krščevanju v obeh omenjenih pražupnijah, šentrupertski in trebanjski.
Na današnji župnijski cerkvi na Mirni ni dokazil, da bi to lahko bila tista cerkev, v kateri je Ulrik III. Spanheimski izdal omenjeno listino. Cerkvi iz leta 1265 ni mogoče dokazati niti lokacije niti oblike niti možnosti, da bi v zdajšnjo cerkev prezidali prejšnjo, manjšo. Morala pa je biti dovolj velika, saj je v listini imenovana ‘cerkev’ in ne ‘kapela’.