Po zatrtju dvomesečnega punta je bilo v ječo na goriškem gradu pripeljanih okrog 150 upornih kmetov. Strpali so jih v temne, mrzle in slabo zračene podzemne celice, kjer so tesno nagneteni, ob skromni hrani in nečloveških življenjskih pogojih (nesnaga, mrčes, glodalci) preživeli več kot dve leti.
Upornikom iz spodnjega dela Goriške so sodila njihova deželna sodišča, kmete s Tolminskega in srednje soške doline pa so zasliševali v Gorici. Pred javnostjo skrita zasliševanja so vodili zasliševalci, ki so bili poslani v Gorico iz drugih mest. Zaslišanja vodilnih upornikov so bila izpeljana do aprila 1714, ko je bila na Travniku in na glavnem glavnemu goriškemu trgu izpeljana smrtna obsodba za enajst vodilnih puntarjev. Usmrtitve so zaradi števila obsojencev, zagotovo pa tudi zaradi večje odmevnosti in zastraševalnega učinka, razdelili na tri dni. 20. aprila so svoje življenje končali Ivan Gradnik, Gregor Kobal, Lovre Kragelj in Martin Munih, naslednjega dne so bili usmrčeni Toni Pavšler, Miha Baloh, Jakob Velikonja in Jakob Gruden, zadnji pa so bili dva dni kasneje na vrsti še uporni kmetje s Šentviške planote (Matej Podgornik, Valentin Lapanja in Andrej Laharnar). Vsi so bili obglavljeni z mečem, tiste s hujšo obsodbo so pred tem še dodatno mučili, njihova telesa pa po usmrtitvi razčetverili in razobesili ob vhodih v mesto. Kazni, ki je bila za svojce usmrčenih še posebej mučna, saj trupel niso mogli pokopati, sta se izognila le dva puntarja. Pokopana sta na pokopališču župnijske cerkve v Gorici.
Posledice zatrtega tolminskega punta pa niso bile hude zgolj za zaprte in usmrčene puntarje, ampak tudi za njihove družine in celotne kmečke soseske. Enainšestdeset zaprtih puntarjev je po skoraj triletni prestani zaporni kazni doletela še zaplemba polovice, tretjine ali četrtine premoženja, le desetim zapornikom so z zaplembo prizanesli. Marsikatera družina pa je zaradi odsotnosti hišnega gospodarja in visokih stroškov prehrane za zapornika obubožala že pred izrekom sodbe. Z izrekom kazenske razsodbe so bili na Tolminskem in drugih gospostvih odstavljeni tudi vsi župani in vaški sodniki, ki so sodelovali s puntarji.
Najhujši udarec za deželo pa je bilo plačilo denarne kazni. Največ, 2000 goldinarjev, so morali plačati podložniki tolminskega gospostva, saj je bila krivda za uporništvo tu največja. Z denarjem, ki se je po koncu punta stekal v deželno in državno blagajno, je bila najbrž izplačana tudi nagrada za vasi, ki se punta niso udeležile. Na Tolminskem so bili to Novaki na Cerkljanskem in vasi, ki so spadale pod županstvo v Nemškem Rutu.
