Navzdol po toku nas reka pripelje do Soteske pri Dolenjskih Toplicah in do istoimenskega gradu, ki je bil nekoč po Valvasorjevem mnenju eden najlepših na Kranjskem. Od gradu so danes ohranjeni le vrtni paviljon, imenovan Hudičev turn, pristava, kjer se nahaja depo Tehniškega muzeja Slovenije, in z bršljanom porasle ruševine med vojno požganega dvorca. Gospodarska moč gospostva Soteska in rodbine Auerspergov, ki ga je imela v lasti, je slonela na izkoriščanju roških gozdov, svoj razcvet pa je dolina doživela sredi 19. stoletja, ko je bila na desnem bregu Krke postavljena žaga, ki deluje še danes. Leta 1927 so na levem bregu Krke zgradili še hidroelektrarno.
Pod Sotesko se v bližini Meniške vasi v Krko izlije Radeščica, ki izvira v Podturnu, kmalu zatem, pri Dolenjem polju, pa še Sušica. Nato nas tok reke pripelje do Straže in Vavte vasi, dveh krajev, ki ju reka razmejuje, nekoč lesen, a danes betonski most, pa povezuje. Veliki jez na Krki je reko nekdaj usmerjal h kolesom Dularjevega mlina in žage, ki sta danes razglašena za kulturni spomenik. Iz teh krajev je bil doma Jože Dular, pesnik in pisatelj, ki je s svojimi deli reki Krki in Dolenjski postavil trajen spomenik.
Na poti do Novega mesta se kot levi pritok v Krko izlije dolenjska ponikalnica Temenica, katere zadnji izvir je pri ruševinah gradu Luknja. Nato teče čez zaloško polje in se z imenom Prečna pri Češči vasi izlije v Krko.
Novo mesto je vse od ustanovitve leta 1365 najtesneje povezano s Krko. Ob ustanovitvi je dobilo ime Rudolswerth, kar v slovenskem prevodu pomeni Rudolfov otok oziroma polotok, ki ga na tem mestu ustvari s Krka s svojim meandrom. Kot pričajo stare razglednice, je bila Krka v Novem mestu že od nekdaj zelo »obljudena« – hiše v Novem mestu so bile postavljene tik ob obrežju, družbo so jim delale čolnarne, mlini, na reki je mrgolelo ribičev, splavarjev, kopalcev in zgodilo se je kakšno mrzlo zimo, da so na njej ljudje celo drsali. Nedaleč stran od rečnega brega so frančiškani v 16. stoletju zgradili samostan. Danes so ob reki urejene sprehajalne poti, njeni bregovi pa služijo tudi turistični dejavnosti. Krka je poleg kapiteljskega griča nepogrešljiv motiv najlepših vedut Novega mesta, njeno ime nosijo v nazivu društva, klubi, leta 1954 se je po njej poimenovala tovarna zdravil Krka.
Nato nas tok ponese do naselja Otočec, nekoč znanega pod imenom Šentpeter. Tukaj reka plitvo pod gladino ponovno izloča lehnjak v obliki obsežnih podvodnih pragov. Posledica tega so s pestrim obvodnim rastlinstvom porasli manjši otoki, ki jih je ob srednjem letnem vodostaju na tem mestu okoli trideset. Največji med njimi je vsekakor grajski otok, ki je s kopnim povezan z dvema lesenima mostovoma. Grad, ki se kot edini vodni grad v Sloveniji prvič omenja sredi 13. stoletja, je bil med vojno požgan, po vojni pa ob gradnji avtoceste Ljubljana – Zagreb obnovljen in kmalu nato namenjen hotelsko turistični dejavnosti. Njegova lega na otoku, skupaj z urejenim parkom in labodi, ki so zaradi ugodnih razmer v tem predelu prisotni od konca šestdesetih let prejšnjega stoletja, ponuja eno najbolj romantičnih podob pri nas.