Njegovo rokopisno gradivo je deloma na Dunaju, deloma v Rimu. Danes lahko upravičeno trdimo, da so se za Knobleharjeve raziskave Belega Nila zanimali raziskovalci po celi Evropi, njegovo delo so poznali tudi v Ameriki. Med bivanjem v Afriki je bil ves čas v stiku z domovino in v slovenskem časopisju je bilo objavljenih veliko njegovih prispevkov. S sodelavci se je trudil afriški svet približati rojakom doma, zato so pisali številna pisma na različne naslove po Evropi. V Ljubljani je za redne objave poročil iz Sudana skoraj deset let skrbel Luka Jeran, kaplan v Trnovem v Ljubljani in urednik katoliškega časopisa Zgodnja Danica. Pisma iz daljnih krajev so z zadovoljstvom objavljali tudi v drugih evropskih časopisih (npr. Augsburger Postzeitung, Grätzer Zeitung, Villacher Zeitung, Laibacher Zeitung, Leipziger illustrierte Zeitung, Wiener Volkshalle, idr.).
Različni Knobleharjevi zapiski, skice in risbe so po njegovi smrti izginili. Ko je v želji po izboljšanju zdravja leta 1857 odpotoval v Evropo, je bil prepričan, da se bo še vrnil v Kartum, zato je s sabo vzel le najnujnejše. Po njegovi smrti v Neaplju je delovna soba v Kartumu ostala prepuščena na milost in nemilost vsem, ki so bili prepričani, da so varuhi njegove zapuščine.
Knoblehar je zbiral tudi etnološke predmete, ki jih je pridobil med različnimi nilotskimi ljudstvi kot so Barijci, Nueri, Dinke, Šiluki in ostali. Ob obisku Evrope leta 1850 jih je pripeljal v domovino in organiziral prvo afriško razstavo na Slovenskem. Raznolika in vsebinsko zelo bogata zbirka predmetov je danes shranjena v Slovenskemu etnografskem muzeju v Ljubljani in šteje okoli 230 predmetov, 65 predmetov pa hrani Muzej sveta na Dunaju (Weltmuseum Wien). Izvrstno ohranjeni predmeti sodijo med najstarejše evropske etnografske zbirke iz južnega Sudana. Majhen, lesen poglavarski stolček in kvalitetne železne sulice, mojstrsko delo kovačev z obrežja Belega Nila, so na ogled na stalni razstavi Slovenskega etnografskega muzeja.
Občina Škocjan v spomin na slavnega rojaka na dan njegovega rojstva obeležuje svoj občinski praznik Knobleharjevo, na trgu pred župnijsko cerkvijo sv. Kancijana pa stoji njegov kip, delo akademskega kiparja Eda Dolinarja.
