V šolskem letu 1991/1992 je bilo v osmih razredih uvedeno eksterno preverjanje znanja, do leta 2005 je potekalo iz matematike, slovenskega jezika in izbirnega predmeta. Poskusno so znanje preverjali v decembru in marcu, konec maja je bilo preverjanje samo iz matematike in slovenskega jezika. Ocene so bile eden izmed kriterijev za vpis v srednje šole, s tem so bili sprejemni izpiti odpravljeni. V šolskem letu 2005/2006 je bilo ukinjeno nacionalno preverjanje znanja (NPZ) po prvem triletju, ostalo je po drugem triletju prostovoljno, obvezno pa za tretje triletje. Učenci 6. razredov so neobvezno opravljali nacionalni preizkus znanja, prijavilo se je 84,5 odstotka učencev, leto poprej 86,5 odstotka učencev. Zlasti po tretjem obdobju (9. razred) nacionalnega preverjanja znanja ima ta drugačno funkcijo in obliko, saj dosežki NPZ v 9. razredu ne vplivajo več na končno oceno pri posameznem predmetu. Učitelji iz leta v leto opravijo temeljito analizo oziroma pripravijo sintezno poročilo za izboljšanje kakovosti NPZ, ugotavljajo dobre in slabe strani preverjanj, a z rezultati niso vedno zadovoljni. Spremembe, novosti in potrebne izboljšave pri NPZ so bile in bodo vedno prisotne.
Šola je bila vedno odprta za številne interesne dejavnosti. Leta 1993 so se v šoli začele uvajati obvezne izbirne vsebine. Te so se izvajale v okviru rednega šolskega urnika. Obvezne izbirne vsebine so bile tako nekakšna predhodnica izbirnih predmetov v devetletki. Vsi predmeti so se številčno ocenjevali, uveden je bil nivojski pouk oziroma fleksibilna diferenciacija. Marsikateremu učencu so ocene izbirnih predmetov izboljšale učni uspeh.
Pod okriljem Zavoda za šolstvo RS so začele v šolskem letu 1994/1995 delovati študijske skupine namesto prejšnjih strokovnih aktivov. Študijske skupine so se pokazale za zelo uspešne. Vodje študijskih skupin za koroško regijo so iz šole Prevalje bili: Iva Potočnik, slovenski jezik; Hedvika Gorenšek, knjižničarstvo; za športno vzgojo Jure Srnko, za 1. razred Nina Kumprej.
V šolskem letu 2008/2009 ni bilo več splošnega učnega uspeha, število pisnih in ustnih ocen je bilo natančneje predpisano. Učenec je moral obvezno izbrati dva izbirna predmeta, tretjega samo s soglasjem staršev.
