Naslednjo informacijo o cerkvi na Mirni imamo na originalni pergamentni listini iz leta 1463, ki je bila izdana na dan sv. Antona, 17. januarja, in jo hrani novomeški Kapiteljski arhiv:
Jakob, Marin Stučič (Stutschitsch) in Marin »Schuster« (čevljar), ključarji cerkve sv. Janeza v Mirni (zu Neydekh), izpričujejo, da sta v Leskovcu dve kmetiji – na eni živi Gregor, na drugi pa »Dolgi« Matevž – ki ju je zastavil Krištof Mindorfer Hansu Pomunderju za 68 mark dunajskih denaričev. Hans Pomunder pa ju je z zastavnim pismom vred podaril za blagor svoje duše cerkvi sv. Janeza v Mirni in tamkajšnji soseski ter ključarjem za pomoč pri gradnji cerkve. Ti so ju v svojem imenu in v imenu naslednikov in celotne občine skupaj z zastavnim pismom zastavili šentrupertskemu župniku Hansu Harrerju, predstojniku bratovščine svete Trojice pri cerkvi sv. Antona v Novem mestu, in vsem njenim članom za omenjeno vsoto 68 mark, vendar s pridrškom, da ju Krištof Mindorfer ali njegovi dediči v času štirinajst dni pred jurjevim ali po njem lahko dobe nazaj za enako vsoto. To izpričuje z listino, pečateno s pečatoma Nikolaja s Kozjaka in Friderika Pragerja.
V zvezi s to listino Janez Höfler ugotavlja, da je glede na ta zgodovinski podatek prezbiterij v cerkvi sv. Janeza Krstnika na Mirni nedvomno zgrajen okoli leta 1463.
Mirnska cerkev je bila organizacijsko ločena od sedeža župnije, v svoji samostojnosti je bila omejena, to pa ne pomeni, da je bila kot duhovnija in kasneje vikariat nepomembna in zato tudi kot ‘cerkev z omejenimi potrebami’ manj ambiciozno grajena in opremljena, kot taka pa naj danes ne bi predstavljala pomembnejšega spomenika sakralne dediščine na Slovenskem.
Današnja cerkev predstavlja sorodno stavbno kvaliteto kot šentrupertska, kar je povezano tudi z imenom Hansa Harrerja, župnika v Šentrupertu v letih 1450 in 1474, ki je listinsko vpleten v gradnjo obeh gotskih cerkva, šentrupertske in mirnske. Zdajšnjo mirnsko cerkev so zidali v drugi polovici 15. stoletja v dveh bližnjih, vendar stilno različnih obdobjih. Okoli leta 1463 je bilo zgrajeno svetišče s tristranim zaključkom in zvezdasto rebrastim obokom, ladja pa je bila končana do leta 1498, kakor dokazuje letnica, vklesana na kamnu na južni steni, desno od današnjega gotskega portala, in istočasno tudi mrežasto rebrasto obokana. Spodnji del zvonika bi lahko bil najstarejši in sega v čas pred letom 1265.
V tlorisni zasnovi je opaziti za tisti čas dovolj nenavaden koncept enotne prostorske zamisli, kjer je prehod iz svetišča v ladjo komaj zaznamovan, bolj z različnima stavbnima delavnicama kakor s stilnimi zahtevami časa, in v katerih je v takih prostorskih rešitvah zajeta dovolj napredna ambicija modernejšega razvojnega stavbarstva. Tudi v nadgradnji je opaziti, kako se kipenje kvišku umirja in obočni loki niso več šilastoločno ostri, temveč prehajajo k polkrožnim, banjastoločnim oblikam. Očitno se kažejo v tej, sicer vaški, toda za tisti čas zelo napredno usmerjeni gradnji sakralne arhitekture, stilne tendence, ki zasledujejo cilje poenotenega prostora, ki ga je v gotiki prva uresničila Sainte Chapelle v Parizu, zgrajena med leti 1246 in 1248, in napovedala ves nadaljnji razvoj gotske sakralne arhitekture, katerega odmevi so vidni, sicer pozno, tudi v mirnski cerkvi.
Freske v prezbiteriju je poslikal Mojster Bolfgang, »Če se naše stensko slikarstvo 15. stoletja lahko s čim pohvali pred širšo javnostjo, z nečim, kar bo zrcalilo tako specifičnost naših umetnostnih teženj kot tudi doseženo stilno stopnjo evropskega slikarstva in kar bo hkrati vzdržalo obča merila kakovosti, potem bodo to svetniške postave z oboka prezbiterija župne cerkve na Mirni na Dolenjskem, delo Mojstra Bolfganga«, meni Janez Höfler.
Na ladijskem oboku je Podpeški mojster okoli leta 1498 pet obočnih polj zapolnil z rastlinskimi ornamenti, masko norca s kraguljčki, nageljnovim cvetom in s prostostoječima svetniškima figurama, Gregorjem papežem in Heleno. Pomen fresk Podpeškega mojstra se skriva v portretnem značaju figure, kulturnozgodovinskih vidikih naročnika fresk in začetkih slovenske gledališke zgodovine. Z znamenjem enoroga namigujejo na kranjsko plemiško družino Gall, ki je imela v času nastanka freske patronatsko pravico nad cerkvijo sv. Janeza Krstnika, in z masko norca s kraguljčki naznanjajo prihod renesančnega humanizma.
Kot prvega znanega duhovnika na Mirni navaja Anton Koblar v svojih Drobtinicah iz furlanskih arhivov Matija (Marina), ki je bil leta 1477 duhovni pomočnik (socius animarum) šentrupertskega župnika Jakoba Auerspergerja. Da je Mirna v srednjem veku spadala pod Šentrupert, ugotavlja Janez Höfler tudi na osnovi listine o delitvi turjaških posesti z dne 22. julija leta 1467, ko se tu (zu Neydegk hie dysselb der Neyrin) omenjajo desetine od osmih kmetij.
