Tematiko za trilogijo Bobri je začel odkrivati že kot kaplan v Trnovem v Ljubljani, ko je hodil poučevat verouk v Črno vas na Barju. O tem je v predgovoru k prvi izdaji prve knjige Bobrov napisal tudi:
“Leta 1920 sem bil za šest mesecev nastavljen za kaplana v Trnovem in sem hodil poučevat verouk tudi na Barje in zašel večkrat po dušnopastirskih opravkih še naprej v dolgo Črno vas. Tista, do takrat omalovaževana mokrotna ravnina se mi je začela kazati v vse drugačni luči. Razmere pred desetimi leti so me pa, kot marsikoga, postavile kot kurata v Bolnici za duševne bolezni na Studencu na cesto. Takrat me je krivica bridko zabolela. Danes pa vem, da Bog zna sejati tudi tako žito, ki šele čez čas dozori in da v najbolj tesnih časih kruha. Po lastni izbiri sem se odločil, da grem duše past v Notranje Gorice, v srce Barja. Za novo leto 1933 sem bil že tam. In začele so se mi odpirati oči.”
Predgovor konča z besedami: »In začel sem iskati v njega davnino.« Poleg Bobrov je namreč nameraval napisati literarna dela še s snovjo iz rimskega obdobja in iz srednjega veka.
Bobre je začel pisati 7. maja 1942, zadnji zvezek preparacij, kot je sam pravil svojim rokopisom, pa nosi datum 10. december 1943. Prvi del z naslovom Sam je izšel v Slovenčevi knjižnici z datumom 1. oktobra 1942, tretji z naslovom Vrh pa z datumom 20. december 1943. Prvo izdajo celotnega dela je ilustriral in opremil France Gorše (Dom in svet, 1943 (52/2, str. 124-127). Za trilogijo je dobil avtor 8. februarja 1944 literarno nagrado mesta Ljubljane, takratno Prešernovo nagrado. Jalen se je pripravljal na pisanje Bobrov več kot desetletje. O pisanju tega dela je v intervjuju, ki je bil objavljen v časniku Slovenec 10. februarja 1944, povedal tudi naslednje (stran 6):
“Preštudiral sem vso znanstveno literaturo o našem Barju pa tudi o bodenskih koliščarjih, poleg tega pa še polno knjig o najstarejših narodih v Evropi, pa tudi o sedanjih vrstnikih te kulture pri divjaških narodih, o starih verstvih, o močvirnih pticah, o starih, že izumrlih živalih, kakor so bili bobri, bivoli, losi itd. – Brehm, Troeltsch, Foelicker, nekaj knjig iz dr. Erlichove knjižnice so mi bile vedno pri roki, da ne omenjam Kramerjeve monografije o Ljubljanskem barju. Z nasveti sta mi stala ob strani ravnatelj dr. Ložar (Rajko), pač naš največji strokovnjak za barjansko kulturo, ter p. Janez Žurga, ki mi je postregel z življenjem v stari dobi. Ljubljanski muzej sem si natančno ogledal in tu sem po svoje pripomogel k razumevanju predzgodovinske barjanske pasti. Hotel sem postaviti realistično in kolikor mogoče verjetno podobo barjanskih naselbin, kakor se dajo rekonstruirati na osnovi raznih znanstvenih domnev. Seveda sem se subjektivno naslonil na eno ali drugo izmed njih. Nikakor pa se ne strinjam z najnovejšo domnevo, da koliščarjev, kakor sem jih zasnoval in opisal, nikdar ni bilo, kakor trdi sedaj neki strokovnjak v članku, ki je prirejen za Jutrov razglednik. Morda je ta dvom upravičen za švicarske koliščarje, za barjanske pa ne, kar bi se dalo dokazati, pa sedaj ni časa.
Ogrodje za trilogijo torej temelji na znanstveni predpripravi, tudi način lovljenja v tistih časih. … Da sem pa tudi mnogo sodobnih problemov vtaknil v povest, je razumljivo, saj je človek vseskozi precej enak.”
