Sprva ni bilo povsem jasno, kam bo pot zanesla mladega izobraženca. Vodstvo Propagande ga je nameravalo poslati v Indijo, pa na Švedsko, v Avstralijo in Perzijo. Razmišljali so, da bi ga morda imenovali za podravnatelja in profesorja na Ukrajinskem zavodu v Rimu, a nepričakovan odlok Propagande o ustanovitvi apostolskega vikariata v osrednji Afriki je začrtal Knobleharjevo nadaljnjo pot.
Sredi poletja 1846 se je iz Rima napotil proti Aleksandriji. Nenačrtovane zaplete nove misije zaradi odpovedi škofa Anetta Casolanija vodstvu vikariata in čakanje na odločitev iz Rima, je Knoblehar izkoristil za obisk Svete dežele in Sirije. Na osem mesečnem potovanju se je izpopolnjeval v znanju arabskega jezika. Mesto vikarja je medtem na novo prevzel Maksimilijan Ryllo, ki je takoj sklical vse sodelavce v Aleksandrijo. Tam se je Knoblehar srečal z rojakom Antonom Lavrinom, avstrijskim konzulom, doma iz Vipave. Lavrin je bil strasten zbiralec egipčanskih starin in kot izkušen konzul je bil misijonarjem neprecenljiv, predvsem ko je bilo treba posredovati pri turško-egiptovski vladi, da zagotovi varnostna pisma. Uradna oblast je namreč v misiji izbranih Evropejcev slutila prikrite namene, ki naj bi bili povezani s kolonialnimi interesi po nepoznanem ozemlju ob Belem Nilu v južnem Sudanu.
