V življenje družine inž. Franja Pahernika pa sta nato posegli druga svetovna vojna in povojna oblast v Jugoslaviji, sledili so udarci: zaplemba premoženja s strani nemškega okupatorja in izselitev na Hrvaško leta 1941, smrt sina Vojka v taborišču Jasenovac aprila 1945, emigracija in življenje hčerke Vide v Argentini in ZDA, razlastitev njihovega premoženja s strani FLRJ (Pahernikovi gozdovi so z letom 1946 postali državna lastnina), borba Franja Pahernika in žene Marije za minimalne pravice, premeščanja in dokazovanje delovne dobe ter preselitev iz Vuhreda v Maribor leta 1958.
Ne glede na odnos novega režima je bil inž. Franjo Pahernik cenjen in spoštovan gozdarski strokovnjak. Vseskozi si je prizadeval, da bi njegovi gozdovi, kljub razlastitvi, ohranili sonaraven razvoj. In na srečo je bil v tem času na Gozdnem gospodarstvu Slovenj Gradec zaposlen dr. Dušan Mlinšek, ki se je tudi zavzemal za celostno vrednotenje dogajanj v naravi in gozdu ter za sodobne načine gozdarjenja; na Gozdni upravi Radlje pa mlad inženir gozdarstva Maks Sušek, ki je kasneje kot njen dolgoletni direktor sledil Pahernikovemu izročilu sonaravnega gozdarjenja in ohranjal dobro vez s Pahernikovo družino.
Zadnja leta življenja
Inž. Franjo Pahernik je vse do svoje smrti ostal predan strokovnemu delu in imel stike, s krajem iz katerega je izhajal. Leta 1962 je napisal strokovno študijo Šajke in splavi na Dravi. Umrl je leta 1976, star 94 let, svoje zadnje bivališče je našel v rodbinski grobnici na pokopališču v Vuhredu. Žena Marija je dočakala sto eno leto življenja.
