Ko so Nemci aprila 1941 odvrgli bombe na Beograd, se je družina umaknila na rodne Prevalje, Franc Sušnik pa je bil že l. aprila 1941 mobiliziran v starojugoslovansko vojsko, kjer je dočakal njen zlom nekje pri Podsredi. V civilni obleki se je s celovškimi gimnazijskimi spričevali 15. aprila 1941 pretolkel do doma, mariborskemu domu na učiteljišču pa se je raje izognil. Imel je prav, saj so ga v Mariboru že iskali za izselitev v Srbijo, na prevaljskih seznamih pa ga še ni bilo. Poiskal si je zasilno službo na tamkajšnjem matičnem uradu in pri tem delu dobil tudi veliko koristnih podatkov o svojem rodu. Imel je na kupe lističev z izpiski iz rojstnih, poročnih in mrliških knjig.
Moralno je bil zagret za partizansko gibanje, saj je bil prepričan, da gre za upor slovenskega človeka proti tujcu, okupatorju. Pod imenom Lenart je objavljal pesmi v številnih tiskih partizanskih tehnik, skritih v varnih zavetjih koroških gozdov, največ pa v tehniki Netopir, ki se je ugnezdila pod njegovo nekdanjo domačijo, pod Suškim.
Jeseni leta 1943 sta se srečala nad Lobasovim s Pavlom Žaucerjem – Matjažem in ostala velika prijatelja tudi v svobodi. Dr. Sušnika pa so, žal, že 3. novembra 1943 aretirali gestapovci in celih šest tednov je prebil v njihovih zaporih. Šele 20. decembra 1943 so ga izpustili s prepovedjo bivanja v tedanjem velikovškem okraju, kamor so sodile tudi rodne Prevalje.
Že aprila 1944 je prevzel delo v samostanski knjižnici v Št. Pavlu v Laboški dolini in urejal častitljivo stare knjige za celovško študijsko knjižnico. Očitno so ga zasledovali in za njim vohunili, zato je pobegnil v Pliberk k sestri Pepki in svaku Karlu Pogorevčniku, pa ni imel sreče. Ko so gestapovci iskali onadva, so še njega zaprli 10. novembra 1944. Sodnik iz Berlina ga je januarja 1945 obsodil na smrt. V grozi pred obglavljenjem si je prerezal žile, da bi izkrvavel, pa so ga rešili in baje tudi po intervencijah bližnjih sorodnikov iz Plešivčnikovega rodu poslali 25. januarja 1945 v koncentracijsko taborišče Dachau. V teh, najbolj groznih trenutkih za Sušnikovo družino se je rodil najmlajši sin Matjaž. V Dachauu se je hitro znašel v »baraki smrti«, pa so ga reševali sojetniki, ki so ga cenili kot človeka. Eden njih je bil domačin, Stanko Kotnik z Dobrij, drugi pa Rudi Kokal, preprost kmet iz Osluševcev pri Ptuju. Maja 1945 je bila vojna mora končana in 8. junija se je naposled vrnil domov na Prevalje s transportom iz Dachaua in dobil trideset dni več kot zasluženega dopusta.
