V zgornjo kapelo, posvečeno Žalostni Materi Božji, se povzpnemo po enem od stopnišč iz prezbiterija spodnje kapele. Vstopimo zvezdasto gotsko obokano ladjo, katere oker obarvana rebra so rekonstrukcija nekdanjih. V severni in južni steni je dvoje romanskih oken.
Sklepa jih pet izvirnih gotskih figuralnih sklepnikov, ki so bili pred rekonstrukcijo leta 1970 vzidani v stene spodnje kapele.
Prvotno je imela gornja kapela lesen raven strop, v sredini ali drugi polovici 15. stoletja pa ga je kamniška kamnoseška delavnica obokala. Štirje od ohranjenih sklepnikov prikazujejo svetnike, ki jih prepoznamo po atributih: Devica Marija z Jezusom, sv. Eligij (v škofovski opravi, z mečem in kleščami, v katerih je zobu podoben predmet), nato sv. Katarina (s kolesom in mečem) in na koncu golobrad mučenec s palmovo vejo v levici, z zaprto knjigo v desnici in vojvodsko krono na glavi – morda sv. Felicijan.
Dr. France Stele v knjigi Politični okraj Kamnik: topografski opis (1922) našteva še sklepnik v podobi bradatega svetnika s knjigo v desnici in zaradi poškodbe nedoločljivim predmetom v levici, ki ga negotovo označi za sv. Primoža. Slednjega sklepnika med vzidanimi ni najti. Osrednji sklepnik na temenu stropa prav tako manjka, Stele pa navaja, da je bil okrogle oblike. Med plastikami na sklepnikih izstopa podoba mladeniča z dolgimi skodranimi lasmi, ki pred seboj drži ščit z dvema navzdol obrnjenima nožema. Gre za znamenje strojarskega ceha. Da je bila tudi zgornja kapela povezana z grajsko zgradbo dokazuje ob obnovitvenih delih leta 1970 odkrit romanski portal na zahodni steni, torej neposredno nad vhodom v spodnjo kapelo. Svetloba, ki prihaja skozenj, dela zgornjo kapelo prijeten in zelo svetel prostor.
Prezbiterij je dvignjen za eno stopnico. Vanj vstopimo pod masivnim romanskim slavolokom, katerega lok iz rezanega kamna podpirata dva stebra. Kapitela romanskih stebrov sta poškodovana in deloma popravljena z malto. Listni okras na južnem je ohranjen zelo dobro. Prezbiterij je banjasto obokan in se zaključuje proti vzhodu v polkupolo nad apsido. Leta 1893 je prezbiterij poslikal kamniški slikar Matija Koželj (1842-1917), ki je upodobil Polaganje Kristusa v grob in Darovanje v templju na stenah ter nebo z Bogom Očetom in Sv. Duhom na svodu. Koželjeve so bile odstranjene, pod njimi pa so se leta 1970 pokazale iluzionistične freske neznanega slikarja iz začetka 18. stoletja, ki so morda povezane s kamniškim slikarjem Antonom Krošičem. Pod freskami iz 18. stoletja so bile odkrite starejše gotske.
