Perko, ki je bil leta 1875 še vedno v službi grofa von Wimpffna, je dobil kot slikar častno nalogo, da na potovanju po Dalmaciji na cesarski jahti Miramar spremlja cesarja Franca Jožefa I. Od leta 1879 je bil Perko že v službi prestolonaslednika Rudolfa (1858–1889), iz družinske kronike, ki jo je zapisala Perkova pastorka Mathilde Bauer in jo hrani Znanstvena knjižnica Dubrovnik, pa izvemo, da je jeseni leta 1879 njen očim postal upravitelj otoka Lokruma, ki je bil v lasti princa od oktobra leta 1878. S krajšimi prekinitvami je Perko bival na otoku od 1879. do 1881. leta.
Rudolf se je leta 1881 na očetovo željo na Dunaju poročil z belgijsko princeso Štefanijo (1864–1945); istega leta se je odpravil na potovanje po Orientu, Perko pa je ostal v Pragi, kamor se je preselil z družino in postal upravitelj praškega gradu Hradčani. Čez dve leti sta se prestolonaslednik in njegova žena preselila na Dunaj, kamor jima je po dolžnosti sledil tudi Anton Perko. Mladi par je leta 1884 potoval po Balkanu; med drugim sta obiskala Beograd in Carigrad, leta 1885 pa je sledil obisk Aten, Damaska in Bejruta. Povsod ju je spremljal Perko.
Leta 1882 ni več na Rudolfovem, ampak na dvoru prestolonaslednice in nadvojvodinje Štefanije. Iz ohranjene dokumentacije so razvidni opisi nazivov in zaslug, ki so jih navajali ob njegovem imenu: uradnik sekretariata, imetnik osmanskega cesarskega Medžidovega ordena četrtega reda – prejel ga je leta 1856 ali 1857 –, komorni marinist, zastavnik linijske ladje brez razporeda, pravi član Dunajske umetniške zadruge, vitez belgijskega Leopoldovega reda in od leta 1893 do upokojitve leta 1896 še »pravi dvorni sekretar«.
Najprej srečen zakon Rudolfa in Štefanije se je začel krhati; on je imel številne ljubezenske zveze, ona pa razmerje z galicijskim grofom Arthurjem Potockim, ki je leta 1890 umrl. Rudolf je papeža Leona III. v pisni vlogi prosil za razveljavitev zakona, vendar je bila ta zavrnjena. Nesrečni prestolonaslednik je jeseni 1888. spoznal 17-letno baronico Marijo Aleksandrino Vetsera (1871–1889) in z njo začel razmerje, ki se je za oba končalo tragično; 30. januarja 1889 so njuni trupli odkrili v Rudolfovem lovskem dvorcu v Mayerlingu. Okoliščine dogodka še danes niso pojasnjene. V javnosti pa je zaradi poskusov cesarske rodbine, da prikrijejo resnico, kmalu nastal škandal; čeprav je na prvi pogled šlo za umor in samomor neuravnovešenega prestolonaslednika, je imel dogodek tudi politične posledice, saj je bil Rudolf edini sin cesarja Franca Jožefa I. Vprašanje, koliko vpogleda v tragedijo je imel Anton Perko, ki je bil plemiškemu paru izjemno blizu, ostaja še neodgovorjeno. Po tragediji v Mayerlingu je ostal v službi pri vdovi Štefaniji in z njo tesno sodeloval. Spremljal jo je na njenih številnih potovanjih in jo podpiral pri literarnih projektih. O tem priča njuno skupno delo, potopisna knjiga Lacroma, v kateri so Štefanijina besedila dopolnjena s Perkovimi ilustracijami. Potopis, o katerem je izčrpno pisala dr. Vrbica, je prvič izšel leta 1892 v nemškem jeziku, čez pet let pa je bil izdan še v italijanskem jeziku. Ilustracije za knjigo je ustvaril Perko verjetno že prej, v času, ko je bil upravitelj otoka.
