Malograjska kapela je že stoletja verjetno najbolj prepoznaven objekt v Kamniku. Postavljena na vzhodnem delu malograjske vzpetine in dvignjena nad mesto, je s svojo značilno obliko vidna že od daleč.
Ob robu na strmej pečini stoji še cerkvica, ki je res znamenita; kajti pod jedno streho stoje tri cerkvice jedna vrhu druge.
Hrovat, Florentin: Kranjska mesta, 1885, str. 30.
Njeni začetki so verjetno nekoliko mlajši od najstarejše faze grajskega kompleksa na Malem gradu. Sedanjo, trinadstropno obliko je dobila v času Andeških, konec 12. ali v začetku 13. stoletja. Skozi čas je doživela več obnov, a je kljub temu ohranila številne izvorne arhitekturne elemente, zaradi česar jo uvrščamo med najpomembnejše spomenike romanske arhitekture na Slovenskem. Čeprav številni zapisi govorijo o treh kapelah, ena nad drugo, gre v resnici za dvojno kapelo s kripto. Do vhoda v spodnjo kapelo se povzpnemo po modernih stopnicah v vhodno lopo, v kateri se nahaja znameniti romanski portal, skozi katerega vstopimo v prostor. Spodnjo kapelo na severni, severovzhodni in južni strani obdajata dva zunanja obhodna hodnika, pokrita z lastno streho, v katera vstopimo na severni ali južni strani vhodne lope. Na koncu kratkega južnega hodnika so vrata v zakristijo.
Že od zunaj lahko lepo razločimo členjeno zgradbo zgornje kapele, saj ima ladja nekoliko višjo streho kot prezbiterij z apsido. Ladja in prezbiterij imata vsak po tri okna. Vstop v zgornjo kapelo je mogoč po dveh ozkih stopniščih, ki vodita iz severne in južne strani prezbiterija spodnje kapele. Ob zahodnem oknu zgornje kapele je vstop v zvonik.
V kripto se iz spodnje kapele spustimo po stopnišču, v katerega vstopimo na severni steni ladje spodnje kapele. Prostor pravokotne oblike je majhen, skoraj kvadraten, z zelo globokim romanskim oknom na vzhodni strani. Leži pod prezbiterijem spodnje kapele in je povezan z njo preko majhnega zamreženega okenca na zahodni strani. V vogalih so vidne kamnite konzole, ki so nekoč podpirale križni obok, ki ga danes ni več. Kripta leži v mogočnem kamnitem zidovju, ki tvori masiven podstavek za spodnjo in zgornjo kapelo. Čeprav kripto običajno povezujemo z grobnim prostorom, malograjska kripta nikoli ni služila temu namenu.
Na starejših upodobitvah, kot je votivna podoba iz leta 1779 v cerkvi sv. Lenarta v Zakalu, ima malograjski osmerokotni zvonik značilno baročno čebulasto streho. Vidimo jo tudi na znani veduti Malega gradu, izdelani v 40. letih 19. stoletja avtorja Josepha Wagnerja. Takšen videz je zvonik obdržal vse do 60. let 19. stoletja, ko so baročno streho nadomestili z ošiljeno neogotsko streho, vidno na večini starejših razglednic. Sedanjo, znova baročno streho je malograjski zvonik dobil ob prenovitvenih delih v 60. letih 20. stoletja. Še tri desetletja po drugi svetovni vojni je meščane iz zvonika malograjske kapele opozarjal navček ob smrti v župniji. Leta 2020, v prvem letu epidemije novega koronavirusa, se je malograjski zvon ponovno oglašal ob 20. uri in vabil vernike k molitvi za odvrnitev epidemije.
Malograjska kapela je imela skozi zgodovino več patrocinijev. Vsaj od prve polovice 15. stoletja je bila kapela v posesti kamniškega kovaškega ceha, zato ni naključje, da je spodnja kapela posvečena sv. Eligiju, zavetniku kovačev. Tudi ob vizitaciji prvega goriškega nadškofa Karla Mihaela grofa Attemsa leta 1752 je zapisano, da je vzdrževana »a fabris ferrariis«. Gornja kapela je bila v srednjem veku posvečena sv. Jerneju, a je bil patrocinij spremenjen, tako da je vsaj od časa izgradnje nove župnijske cerkve (1734) posvečena Žalostni Materi božji. Kot kapela je služila tudi kripta, ki je posvečena sv. Petru.
