Žunkovič se je ves čas svojega službovanja ljubiteljsko ukvarjal z zgodovinskimi in kulturološkimi problemi Slovencev, z jezikoslovjem, toponomastiko in slovansko arheologijo. V svoji publicistični dejavnosti je izhajal iz prepričanja o avtohtonosti Slovanov v srednji Evropi. Obsežna načitanost Žunkoviča ni mogla obvarovati pred hudimi jezikoslovnimi in zgodovinskimi zmotami, ki jim je ostal zvest vse življenje. Čeprav so njegova dela v znanstvenem svetu naletela na odločen odpor, je do konca življenja verjel, da bo svet nekoč spoznal pravilnost njegovih nazorov.
Prvo knjigo Die Ortsnamen des Oberen Pettauer Feldes je objavil leta 1902 (Maribor, samozaložba). V njej je zavračal trditve graškega zgodovinarja Alberta Mucharja (1786-1849), da so vsa nenemška imena na Štajerskem keltskega izvora in zagovarjal tezo, da gre za slovanska imena in da so Slovani avtohtoni prebivalci Ptujskega polja.
Tezo o avtohtonosti Slovanov v Srednji Evropi je zagovarjal tudi v svojih delih Wann wurde Mitelleuropa von den Slaven besiedelt (Kremsier, 1904) in Die Slaven, ein Urfolk Europas (Kromĕřiž, 1910). Trdil je, da je njihove sledi mogoče najti vse tja do ledene dobe. Žunkoviča je pritegovala tudi domnevna zveza med med Etruščani in Slovani, germanske rune je razglasil za slovanski črkopis. O tem je pisal v svojih knjigah Slavische Runen – Denkmäler (Kremsier, 1915) in Etymologisches Ortsnamenlexikon (Kremsier, 1915). Svoje etimološke, arheološke, jezikoslovne in heraldične študije o Slovanih in njihovih sosedih je strnil v delih Die slavische Vorzeit (Maribor, 1918) in Zur Geschichte der Slaven von der Urzeit bis zur Völkerwanderung (Kroměříž, 1929).
V začetku 20. stoletja je aktivno posegel v spor o pristnosti Kraljedvorskega in Zelenogorskega rokopisa in se postavil na (napačno) stran avtohtonistov oz. pristnostni obeh besedil in o tem napisal več del: Rukopisy Zelenohorský a Králodvorský (Kroměříž 1911), Die Handschriften von Grünberg u. Königinhof, dann das Vyšehrad Lied (Kroměříž, 1912), Rukopisové Zelenohorský – Píseň pod Vyšehradem – a Králodvorský (Olomouc, 1912), Závěr českého sporu o Rukopisy (Brno-Husovice 1933), Die Handschrift von Grünberg (Maribor, 1935). S svojimi somišljeniki Čehi, Slovaki in Hrvati je izdajal tudi revijo Staroslovan. Revijo je v glavnem pisal sam, v njej je sodeloval tudi slovaški duhovnik Fr. Vitazoslav Sasínek, oče slovanskega avtohtonizma.
Njegovim trditvam so se že kmalu postavili po robu številni znanstveniki, tako zgodovinarji kot jezikoslovci, med njimi tudi Joža Glonar in Matija Murko. Slednji je Žunkovičevo knjigo Die Slaven, ein Urvolk Europas odklonil z besedami, da »vsi naši prvi rodoljubni diletanti niso prevračali takšnih etimoloških kozlov kakor gospod Žunkovič«.
V 30. letih 20. stoletja se je Žunkovič ukvarjal z vojno zgodovino Izraelcev in napisal knjigi Moses der verwegenste Stratege der Kriegsgeschichte (Maribor, 1934) in Wie kamen die Israeliten durch’s Rote Meer ohne ein Wunder? (Ptuj, 1937). Spisal je tudi brošuro Slovenska vojna zgodovina od Kristusovega rojstva do leta 1443 (Maribor, samozaložba, 1939), zasnoval zbirko Žunkovič’s Slavistische Bibliothek (zanjo je pripravil 41 skrbno urejenih razprav) ter v samozaložbi izdal in Die altslawische Chronik von Sarandapar, von Adam an umfassend 7448 Sonnenjahre bis 1939 (Ptuj, 1937).
Oglašal se je tudi v mariborskih časopisih (Marburger Zeitung, Straža, Mariborski delavec) idr. V svojih člankih je razpravljal o prihodnosti Maribora, o pomenu turizma, izpiranju zlata na Dravi, o gojenju tobaka, živinoreji, praznoverju, najraje pa je pisal o krajevnih imenih.
Žunkovič je napisal tudi nekaj dramskih besedil v nemškem jeziku: libreto za romantično baletno pantomimo o zlatorogu in trentarskemu lovcu Zlatorog (Kromeriž 1913), ljudsko igro s petjem Ein Mannwolf (Dunaj 1917, samozaložba) ter nemški libreto Das Herrenrecht (Kremsier, 1914, samozaložba).
