Pregelj je začel s poezijo, vendar se je kasneje posvetil samo pripovedni prozi, deloma tudi dramatiki. Svoja glavna dela je spisal med 1915 in 1925, v času razmaha slovenskega ekspresionizma. Del njegovega ustvarjanja pripada književnosti med moderno in ekspresionizmom, drugi del pa je izviral iz tradicije romantičnega realizma iz 19. stoletja, kamor sta spadala tudi Jurčič in Tavčar. Pisal je predvsem zgodovinske romane in večerniške povesti.
S svojim slogom se uvršča med največje slovenske stiliste. Pogosto je posnemal svetopisemski slog ter uporabljal precej arhaičen in folkloriziran jezik, posejan z nemškimi, italijanskimi in latinskimi frazami. Njegov opus lahko delimo na dva dela: prvi del predstavlja katoliško vzgojna povest, drugi pa problemsko zasnovan zgodovinski roman, za katere je snov črpal predvsem iz kmečkih uporov. Leposlovni konec je sklenil z izdajo Izbranih spisov (1928- 1935). Ukvarjal se je s pisanjem kritik, literarnih pregledov in literarnih portretov ter prevedel nekaj del.
V dvajsetih letih 20. stoletja je veljal za osrednjega slovenskega pripovednika po Cankarju. Njegova dela so obravnavana v vseh povojnih slovstvenih zgodovinah, po njem pa je poimenovana tudi osnovna šola v Rupah na Goriškem.